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- PDB-1i8p: STRUCTURE DETERMINATION OF THE FERROCYTOCHROME C2 FROM RHODOPSEUD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i8p
タイトルSTRUCTURE DETERMINATION OF THE FERROCYTOCHROME C2 FROM RHODOPSEUDOMONAS PALUSTRIS
要素CYTOCHROME C2
キーワードELECTRON TRANSPORT / ELECTRON CARRIER / HEME PROTEIN / CYTOCHROME / C2 / REDUCED / RHODOPSEUDOMONAS PALUSTRIS
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c2
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Garau, G. / Geremia, S.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002
タイトル: Cleavage of the iron-methionine bond in c-type cytochromes: crystal structure of oxidized and reduced cytochrome c(2) from Rhodopseudomonas palustris and its ammonia complex.
著者: Geremia, S. / Garau, G. / Vaccari, L. / Sgarra, R. / Viezzoli, M.S. / Calligaris, M. / Randaccio, L.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Two Ph-Dependent Forms of Cytochrome C2 from Rhodopseudomonas Palustris
著者: Garau, G. / Geremia, S. / Randaccio, L. / Vaccari, L. / Viezzoli, M.S.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: CLEAVAGE OF THE IRON-METHIONINE BOND IN CYTOCHROME C-TYPE PROTEIN: X-RAY STRUCTURE OF THE RHODOPSEUDOMONAS PALUSTRIS CYTOCHROME C2 AMMONIA COMPLEX AT 1.15 A RESOLUTION
著者: Geremia, S. / Garau, G. / Sgarra, R. / Viezzoli, M.S. / Randaccio, L.
履歴
登録2001年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 3.02026年8月12日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_atom_coordination / pdbx_nonpoly_atom_coordination_sphere / pdbx_nonpoly_atom_coordination_sphere_order / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight
解説: Metalloprotein remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
Remark 999SEQUENCE PCA 1: GLN 1 HAS BEEN CYCLIZED TO PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID. THIS PROTEIN WAS EXPRESSED ...SEQUENCE PCA 1: GLN 1 HAS BEEN CYCLIZED TO PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID. THIS PROTEIN WAS EXPRESSED FROM A DIFFERENT STRAIN THAN THE DATABASE PROTEIN SWISSPROT ENTRY P00091 AND HAS SEVERAL MUTATIONS: G29A, I64V, N65P, N68A, AND D80E.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C2
B: CYTOCHROME C2
C: CYTOCHROME C2
D: CYTOCHROME C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2308
ポリマ－48,7484
非ポリマー2,4824
水11,043613
1
A: CYTOCHROME C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8082
ポリマ－12,1871
非ポリマー6211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CYTOCHROME C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8082
ポリマ－12,1871
非ポリマー6211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: CYTOCHROME C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8082
ポリマ－12,1871
非ポリマー6211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: CYTOCHROME C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8082
ポリマ－12,1871
非ポリマー6211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.119, 71.706, 67.357
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
CYTOCHROME C2


分子量: 12186.983 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: 42 OL / 参照: UniProt: P00091
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 620.519 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H36FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 613 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 42% AMMONIUM SULPHATE,0.1 M SODIUM CITRATE PH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年7月8日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
211
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 106868 / Num. obs: 34702 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.599 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 106868
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FJ0

1fj0


解像度: 1.95→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1742 5 %RANDOM
Rwork0.1605 ---
all0.1919 106868 --
obs0.1942 32939 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20 Å2
2---1 Å20 Å2
3---1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3420 0 172 613 4205
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0290.022
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.6791.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.6982
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it5.9093
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it8.9324.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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