PDB-1bne: BARNASE A43C/S80C DISULFIDE MUTANT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1bne

タイトル

BARNASE A43C/S80C DISULFIDE MUTANT

要素

BARNASE

キーワード

ENDONUCLEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)

手法

X線回折 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Clarke, J. / Henrick, K. / Fersht, A.R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Disulfide mutants of barnase. I: Changes in stability and structure assessed by biophysical methods and X-ray crystallography.
著者: Clarke, J. / Henrick, K. / Fersht, A.R.

履歴

登録	1995年3月31日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1995年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1bne.cif.gz	77.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1bne.ent.gz	59.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1bne.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1bne_validation.pdf.gz	374.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1bne_full_validation.pdf.gz	379.5 KB	表示
XML形式データ	1bne_validation.xml.gz	7.7 KB	表示
CIF形式データ	1bne_validation.cif.gz	13.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/1bne ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/1bne	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bnfC 1bngC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2f56-1 1bsc-2 1brj-3 1bao-1 1brg-2 1bri-2 1bse-3 1bsc-1 1bsa-2 2f5w-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BARNASE

B: BARNASE

C: BARNASE

37.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BARNASE

登録者が定義した集合体
12.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: BARNASE

登録者が定義した集合体
12.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: BARNASE

登録者が定義した集合体
12.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.600, 59.600, 81.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

Atom site foot note

1: THR A 79 - CYS A 80 OMEGA = 215.73 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION

#1: タンパク質	BARNASE 分子量: 12446.852 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア) 遺伝子: BARNASE / プラスミド: PTZ18 DERIVED / 遺伝子 (発現宿主): BARNASE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00648, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.22 %

結晶

*PLUS

溶媒含有率: 38.2 %

結晶化

*PLUS

pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	5-20 mg/ml	protein	1	drop
2	10 mM		1	drop	Na2HPO4
3	25 mM	Tris-HCl	1	drop
4	1 mM	EDTA	1	drop
5	1 mM	dithiothreitol	1	drop
6	35-40 %	PEG8000	1	reservoir
7	50 mM	sodium acetate	1	reservoir
8	50 mM	sodium cacodylate	1	reservoir
9	5 mM	sodium phosphate	1	reservoir

-
データ収集

放射光源	波長: 1.54
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	Num. obs: 16295 / % possible obs: 85.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.131
反射	PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 13.5 Å / Num. measured all: 57655 / R_merge(I) obs*: 0.131

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
MOSFLM	データ削減
PROLSQ	精密化

精密化

解像度: 2.1→6 Å / σ(F): 0 /

	R_factor	反射数
obs	0.169	57655

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2540	0	0	230	2770

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.012	0.02
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	0.039	0.04
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_d	0.04	0.05
X-RAY DIFFRACTION	p_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it	0.817	1.5
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it	1.3	2
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it	1.558	3
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it	2.186	3
X-RAY DIFFRACTION	p_plane_restr	0.011	0.02
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr	0.117	0.12
X-RAY DIFFRACTION	p_singtor_nbd	0.151	0.2
X-RAY DIFFRACTION	p_multtor_nbd	0.145	0.2
X-RAY DIFFRACTION	p_xhyhbond_nbd	0.148	0.2
X-RAY DIFFRACTION	p_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_tor	1.923	3
X-RAY DIFFRACTION	p_staggered_tor	16.364	20
X-RAY DIFFRACTION	p_orthonormal_tor	20.393	15
X-RAY DIFFRACTION	p_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_special_tor

ソフトウェア

*PLUS

名称: PROLSQ / 分類: refinement

精密化

*PLUS

Num. reflection obs: 16295

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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