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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jc0 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF A REDOX-SENSITIVE GREEN FLUORESCENT PROTEIN VARIANT IN A REDUCED FORM | ||||||
![]() | GREEN FLUORESCENT PROTEIN | ||||||
![]() | LUMINESCENT PROTEIN / Beta Barrel / Chromophore | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hanson, G.T. / Aggeler, R. / Oglesbee, D. / Cannon, M. / Capaldi, R.A. / Tsien, R.Y. / Remington, S.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Investigating mitochondrial redox potential with redox-sensitive green fluorescent protein indicators. 著者: Hanson, G.T. / Aggeler, R. / Oglesbee, D. / Cannon, M. / Capaldi, R.A. / Tsien, R.Y. / Remington, S.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 147.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 114.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 448.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 540.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26886.379 Da / 分子数: 3 / 変異: C48S,F64L,S65T,Q80R,S147C,Q204C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pRSETb / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | RESIDUES 65, 66, AND 67 ARE NOT PRESENT IN THE ENTRY AND ARE INSTEAD REPLACED WITH CRO 66. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.13 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 4000, Lithium Sulfate, Tris, DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.9 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月26日 詳細: 58 cm long, Pt-coated fused silica, vertical focus mirror |
放射 | モノクロメーター: Cylindrically bent triangular Si(111) asymmetric cut horizontal focus プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→42.3 Å / Num. all: 194884 / Num. obs: 38346 / % possible obs: 78.2 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 5207 / % possible all: 74.3 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 28.7 Å / Num. measured all: 194884 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 74.3 % / Rmerge(I) obs: 0.304 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1EMA 解像度: 2→30 Å / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.1 Å /
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 36454 / Num. reflection Rfree: 3593 / Rfactor Rfree: 0.224 / Rfactor Rwork: 0.329 | ||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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