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- PDB-1jbr: Crystal Structure of the Ribotoxin Restrictocin and a 31-mer SRD ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jbr
タイトルCrystal Structure of the Ribotoxin Restrictocin and a 31-mer SRD RNA Inhibitor
要素
  • 31-mer SRD RNA analog
  • 5'-R(*GP*CP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*CP*AP*GP*UP*AP*CP*GP*AP*GP*(A23))-3'
  • 5'-R(*GP*GP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*CP*GP*C)-3'
  • Restrictocin
キーワードHYDROLASE/RNA / protein-RNA interaction / specific recognition / restrictocin / ribosomal RNA / sarcin/ricin domain / base flipping / HYDROLASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / negative regulation of translation / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Fungal ribotoxin / : / Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin / ribonuclease / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / Ribonuclease mitogillin
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus restrictus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Yang, X. / Gerczei, T. / Glover, L. / Correll, C.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structures of restrictocin-inhibitor complexes with implications for RNA recognition and base flipping.
著者: Yang, X. / Gerczei, T. / Glover, L.T. / Correll, C.C.
履歴
登録2001年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-R(*GP*CP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*CP*AP*GP*UP*AP*CP*GP*AP*GP*(A23))-3'
F: 5'-R(*GP*GP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*CP*GP*C)-3'
D: 31-mer SRD RNA analog
A: Restrictocin
B: Restrictocin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,04610
ポリマ－53,8515
非ポリマー1955
水3,027168
1
C: 5'-R(*GP*CP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*CP*AP*GP*UP*AP*CP*GP*AP*GP*(A23))-3'
F: 5'-R(*GP*GP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*CP*GP*C)-3'
A: Restrictocin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0125
ポリマ－26,9343
非ポリマー782
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: 31-mer SRD RNA analog
B: Restrictocin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0345
ポリマ－26,9172
非ポリマー1173
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.4, 109.7, 40.0
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 97.8, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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RNA鎖 , 3種, 3分子 CFD

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*CP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*CP*AP*GP*UP*AP*CP*GP*AP*GP*(A23))-3'


分子量: 5809.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*CP*GP*C)-3'


分子量: 4234.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: RNA鎖 31-mer SRD RNA analog


分子量: 10027.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence contains 14 highly conserved nucleotides among all living species.

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#4: タンパク質 Restrictocin / ribonuclease mitogillin


分子量: 16889.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aspergillus restrictus (カビ)
参照: UniProt: P67876, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ

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非ポリマー , 2種, 173分子

#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.53 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG5000, K-MES, KCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG500011
2K-MES11
3KCl11
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMTris1drop
250 mM1dropKCl
350 mMsodium-EDTA1drop
42-10 %(w/v)PEG5000 MME1reservoir
5100 mMpotassium-MES1reservoir
650 mM1reservoirKCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→500 Å / Num. all: 28101 / Num. obs: 24648 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.66 % / Biso Wilson estimate: 51.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 2.16 % / Rmerge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / Num. unique all: 1277 / % possible all: 92.4
反射
*PLUS
最低解像度: 500 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1aqz

1aqz


解像度: 2.15→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS parameter file
詳細: Electron density around A17 in chain C indicates a mixture of multiple conformations. Only the cleaved conformation has been modeled, and some water molecules around A17 in chain C may ...詳細: Electron density around A17 in chain C indicates a mixture of multiple conformations. Only the cleaved conformation has been modeled, and some water molecules around A17 in chain C may represent the alternative conformation(s) of A17.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 2437 9.9 %random
Rwork0.232 ---
all0.238 28101 --
obs0.238 24648 88.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 40.7006 Å2 / ksol: 0.318052 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å20 Å213.9 Å2
2---3.96 Å20 Å2
3---3.56 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.6 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2382 1328 5 168 3883
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006381
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.29824
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.581.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.572
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.932.5
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 337 10.5 %
Rwork0.417 2879 -
obs--69.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA-ALLATOM.PARAMDNA-RNA-ALLATOM.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor obs: 0.232 / Rfactor Rfree: 0.29
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.426 / % reflection Rfree: 10.5 % / Rfactor Rwork: 0.417

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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