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- PDB-1ira: COMPLEX OF THE INTERLEUKIN-1 RECEPTOR WITH THE INTERLEUKIN-1 RECE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ira
タイトルCOMPLEX OF THE INTERLEUKIN-1 RECEPTOR WITH THE INTERLEUKIN-1 RECEPTOR ANTAGONIST (IL1RA)
要素
  • INTERLEUKIN-1 RECEPTOR
  • INTERLEUKIN-1 RECEPTOR ANTAGONIST
キーワードCOMPLEX (CYTOKINE RECEPTOR/ANTAGONIST) / CYTOKINE RECEPTOR / RECEPTOR ANTAGONIST / IMMUNOGLOBULIN FOLD / COMPLEX (CYTOKINE RECEPTOR-ANTAGONIST) / COMPLEX (CYTOKINE RECEPTOR-ANTAGONIST) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-1 type I receptor antagonist activity / interleukin-1 type II receptor antagonist activity / positive regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / interleukin-1, type I, activating receptor activity / interleukin-1, type I receptor binding / interleukin-1 receptor antagonist activity / positive regulation of neutrophil extravasation / interleukin-1, type II receptor binding / interleukin-1 receptor activity / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway ...interleukin-1 type I receptor antagonist activity / interleukin-1 type II receptor antagonist activity / positive regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / interleukin-1, type I, activating receptor activity / interleukin-1, type I receptor binding / interleukin-1 receptor antagonist activity / positive regulation of neutrophil extravasation / interleukin-1, type II receptor binding / interleukin-1 receptor activity / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / interleukin-1 binding / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / interleukin-1 receptor binding / NAD+ nucleosidase activity / platelet-derived growth factor receptor binding / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / inflammatory response to antigenic stimulus / insulin secretion / interleukin-1-mediated signaling pathway / Interleukin-10 signaling / response to glucocorticoid / response to interleukin-1 / acute-phase response / cytokine activity / lipid metabolic process / Interleukin-1 signaling / positive regulation of type II interferon production / transmembrane signaling receptor activity / regulation of inflammatory response / protease binding / Potential therapeutics for SARS / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / immune response / external side of plasma membrane / centrosome / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor type 1 / Interleukin-1 receptor antagonist/Interleukin-36 / Interleukin-1 receptor type I/II / IL-1Ra-like, immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Interleukin-1 receptor family / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family ...Interleukin-1 receptor type 1 / Interleukin-1 receptor antagonist/Interleukin-36 / Interleukin-1 receptor type I/II / IL-1Ra-like, immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Interleukin-1 receptor family / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / TIR domain / Cytokine IL1/FGF / Immunoglobulin domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-1 receptor type 1 / Interleukin-1 receptor antagonist protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多重同系置換, 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Schreuder, H.A. / Tardif, C. / Tramp-Kalmeyer, S. / Soffientini, A. / Sarubbi, E. / Akeson, A. / Bowlin, T. / Yanofsky, S. / Barrett, R.W.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: A new cytokine-receptor binding mode revealed by the crystal structure of the IL-1 receptor with an antagonist.
著者: Schreuder, H. / Tardif, C. / Trump-Kallmeyer, S. / Soffientini, A. / Sarubbi, E. / Akeson, A. / Bowlin, T. / Yanofsky, S. / Barrett, R.W.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995
タイトル: Crystals of Soluble Interleukin-1 Receptor Complexed with its Natural Antagonist Reveal a 1:1 Receptor-Ligand Complex
著者: Schreuder, H. / Tardif, C. / Soffientini, A. / Sarubbi, E. / Akeson, A. / Bowlin, T. / Yanofsky, S. / Barrett, R.W.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995
タイトル: Refined Crystal Structure of the Interleukin-1 Receptor Antagonist. Presence of a Disulfide Link and a Cis-Proline
著者: Schreuder, H.A. / Rondeau, J.M. / Tardif, C. / Soffientini, A. / Sarubbi, E. / Akeson, A. / Bowlin, T.L. / Yanofsky, S. / Barrett, R.W.
履歴
登録1998年4月9日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年8月9日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: INTERLEUKIN-1 RECEPTOR ANTAGONIST
Y: INTERLEUKIN-1 RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7726
ポリマ－53,8872
非ポリマー8854
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area22630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.200, 84.600, 140.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 INTERLEUKIN-1 RECEPTOR ANTAGONIST / IL1RA


分子量: 17145.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: SF9 / プラスミド: TAC-BSP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18510
#2: タンパク質 INTERLEUKIN-1 RECEPTOR


分子量: 36741.734 Da / 分子数: 1 / Fragment: TYPE I RECEPTOR, EXTRACELLULAR DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: SF9 / プラスミド: PVL1392 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P14778
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: THE COMPLEX OF THE IL-1 RECEPTOR WITH THE ANTAGONIST WAS PREPARED BY MIXING A SOLUTION OF IL-1 RECEPTOR IN 50 MM TRIS (PH 7.5) AND 150 MM NACL WITH A SOLUTION OF IL1RA IN THE SAME BUFFER. THE ...詳細: THE COMPLEX OF THE IL-1 RECEPTOR WITH THE ANTAGONIST WAS PREPARED BY MIXING A SOLUTION OF IL-1 RECEPTOR IN 50 MM TRIS (PH 7.5) AND 150 MM NACL WITH A SOLUTION OF IL1RA IN THE SAME BUFFER. THE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED USING THE HANGING DROP METHOD. THE DROPS WERE PREPARED BY MIXING 4 UL OF THE PROTEIN SOLUTION WITH 1 UL OF RESERVOIR SOLUTION, CONTAINING 30% (W/V) PEG 3350, 400 MM MGCL2 IN 100 MM MOPS BUFFER (PH 7.0)., vapor diffusion - hanging drop
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / pH: 8.8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
113 mg/mlprotein1drop
21.6 Mammonium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 296 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE M18X / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年9月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→60 Å / Num. obs: 15631 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.06
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.325 / % possible all: 85.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 73407 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.3 % / Rmerge(I) obs: 0.325

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
SQUASH位相決定
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XDSデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換, 分子置換
開始モデル: IL1RA STRUCTURE (PDB ENTRY 1ILR) AND TRUNCATED CD4 DOMAIN (PDB ENTRY 2CD4)

1ilr

2cd4
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.7→8 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.314 -9.9 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.213 15012 97.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 45.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3638 0 56 86 3780
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it5.42
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it11.54
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it8.34
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it17.78
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.82 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.466 172 9.1 %
Rwork0.393 1463 -
obs--86.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM3_MOD.PROTOPH3.CHO
X-RAY DIFFRACTION3WAT.PARWAT.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.393

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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