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- PDB-3nqr: A putative CBS domain-containing protein from Salmonella typhimur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nqr
タイトルA putative CBS domain-containing protein from Salmonella typhimurium LT2
要素Magnesium and cobalt efflux protein corC
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / CBS domain / efflux protein corC / Structure genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin adenine dinucleotide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / N-terminal region of NMB0537 / CBS domain Like - #20 / CBS domain Like / Transporter-associated domain / Transporter associated domain / Transporter associated domain / Ion transporter-like, CBS domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily ...: / N-terminal region of NMB0537 / CBS domain Like - #20 / CBS domain Like / Transporter-associated domain / Transporter associated domain / Transporter associated domain / Ion transporter-like, CBS domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Magnesium and cobalt efflux protein CorC
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Shuvalova, L. / Cui, H. / Joachimiak, A. / Anderson, F.W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: A putative CBS domain-containing protein from Salmonella typhimurium LT2.
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Shuvalova, L. / Cui, H. / Joachimiak, A. / Anderson, F.W.
履歴
登録2010年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Magnesium and cobalt efflux protein corC
B: Magnesium and cobalt efflux protein corC
C: Magnesium and cobalt efflux protein corC
D: Magnesium and cobalt efflux protein corC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9018
ポリマ－59,5134
非ポリマー1,3894
水3,747208
1
A: Magnesium and cobalt efflux protein corC
ヘテロ分子

D: Magnesium and cobalt efflux protein corC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4514
ポリマ－29,7562
非ポリマー6942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_746-x+2,y-1/2,-z+11
Buried area3050 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area13300 Å2
手法PISA
2
B: Magnesium and cobalt efflux protein corC
ヘテロ分子

C: Magnesium and cobalt efflux protein corC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4514
ポリマ－29,7562
非ポリマー6942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,y-1/2,-z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area13070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.123, 54.122, 92.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Magnesium and cobalt efflux protein corC


分子量: 14878.149 Da / 分子数: 4 / 断片: CBS domain residues 65-191 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: corC, STM0667 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic / 参照: UniProt: P0A2L3
#2: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.75 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES, 25% w/v PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月27日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 34373 / Num. obs: 34373 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 32.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 18.72
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
SHELXD位相決定
RESOLVEモデル構築
ARPWARPモデル構築
Cootモデル構築
CCP4モデル構築
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 9.874 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25833 1735 5 %RANDOM
Rwork0.19009 ---
obs0.19351 32639 98.91 %-
all-32639 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.581 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20 Å20.06 Å2
2--0.45 Å20 Å2
3----0.9 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3945 0 92 208 4245
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0224101
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022862
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9672.0115528
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00136967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.1175490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.85623.297182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.61815799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5721543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024369
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02810
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.671.52468
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5151.5988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0224027
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.94631633
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.6484.51501
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 117 -
Rwork0.209 2248 -
obs--93.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7651-0.5976-0.51461.6042-0.24810.7186-0.04950.04-0.04890.06190.0240.06540.019-0.05450.02550.09030.004-0.00290.0606-0.00590.03842.0026-2.432531.0365
21.38440.59590.0710.27130.14720.95880.05340.092-0.1610.02640.0312-0.0829-0.02080.0036-0.08460.04360.0105-0.03590.05980.00790.086338.5162-7.4091-3.7347
30.5715-0.5515-0.08170.53580.11461.6460.0316-0.0310.0378-0.01950.0509-0.0366-0.0323-0.0656-0.08250.0327-0.0114-0.00060.07290.00960.085335.248413.07724.9838
40.7471-0.1796-0.66681.3250.22560.70370.00730.0360.0362-0.0131-0.06640.0120.0639-0.02760.05910.1014-0.00150.01160.04590.00720.084450.83610.722453.9546
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A67 - 192
2X-RAY DIFFRACTION2B65 - 190
3X-RAY DIFFRACTION3C66 - 191
4X-RAY DIFFRACTION4D67 - 189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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