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- PDB-1ihh: 2.4 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF AN OXALIPLATIN 1,2-D(GPG) INTRA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ihh
タイトル2.4 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF AN OXALIPLATIN 1,2-D(GPG) INTRASTRAND CROSS-LINK IN A DNA DODECAMER DUPLEX
要素
  • 5'-D(*CP*CP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*G)-3'
キーワードDNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG / OXALIPLATIN / MODIFIED / DEOXYNUCLEIC ACID
機能・相同性: / 1R,2R-DIAMINOCYCLOHEXANE / : / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Spingler, B. / Whittington, D.A. / Lippard, S.J.
引用ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2001
タイトル: 2.4 A crystal structure of an oxaliplatin 1,2-d(GpG) intrastrand cross-link in a DNA dodecamer duplex.
著者: Spingler, B. / Whittington, D.A. / Lippard, S.J.
履歴
登録2001年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7735
ポリマ－7,3272
非ポリマー4473
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.942, 51.246, 87.049
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*C)-3'


分子量: 3565.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*G)-3'


分子量: 3761.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 4種, 15分子

#3: 化合物 ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#4: 化合物 ChemComp-DNH / 1R,2R-DIAMINOCYCLOHEXANE / (1R,2R)-1,2-シクロヘキサンジアミン


分子量: 114.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14N2
#5: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MPD, SODIUM CACODYLATE, SPERMINE*4HCl, BACL2, ETHYL ACETATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2SODIUM CACODYLATE11
3SPERMINE*4HCl11
4BaCl211
5ETHYL ACETATE11
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.2 mMDNA1drop
22.5 %MPD1dropor 5%
320 mMsodium cacodylate1drop
46 mMspermine 4HCl1drop
510 mM1dropBaCl2
62.5 %ethyl acetate1drop
720 %MPD1reservoiror 30%
85 %ethyl acetate1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11031
21731
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-110.970.97
シンクロトロンAPS 19-ID21.0721,1.0724,1.0277,1.1206
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE2000年2月27日
CUSTOM-MADE2CCD2000年2月10日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.971
21.07211
31.07241
41.02771
51.12061
反射解像度: 2.4→100 Å / Num. all: 61465 / Num. obs: 6296 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 4 / 冗長度: 9.76 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 69
反射
*PLUS
最低解像度: 100 Å / Num. measured all: 61465
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 69 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→100 Å / Num. parameters: 2052 / Num. restraintsaints: 2360 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 487 10 %RANDOM
Rwork0.209 ---
all-6296 --
obs-4935 93.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47.9 Å2
Refine analyzeOccupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 508
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 486 10 12 508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.106
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.001
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.006
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 100 Å / σ(F): 4 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.209
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_plane_restr / Dev ideal: 0.0005

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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