PDB-1fyp: EUKARYOTIC DECODING REGION A-SITE RNA-PAROMOMYCIN COMPLEX

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1fyp

タイトル

EUKARYOTIC DECODING REGION A-SITE RNA-PAROMOMYCIN COMPLEX

要素

FRAGMENT OF 18S RIBOSOMAL RNA

キーワード

RNA / RNA-paromomycin complex / aminoglycoside / stem-internal loop-stem-tetraloop / RNA-drug / G-A base pair

機能・相同性

PAROMOMYCIN / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics

データ登録者

Lynch, S.R. / Puglisi, J.D.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structural origins of aminoglycoside specificity for prokaryotic ribosomes.
著者: Lynch, S.R. / Puglisi, J.D.

履歴

登録	2000年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1fyp.cif.gz	532.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1fyp.ent.gz	451.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1fyp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/1fyp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/1fyp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1a3m 1fyo 1pbr
類似構造データ	6msv-5 3aqe-6 2xvt-7 6msv-7 6h81-d 6msv-11 1h3l-1 6msv-10 3aqe-3 3aqe-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
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#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
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#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
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#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: FRAGMENT OF 18S RIBOSOMAL RNA

ヘテロ分子

9.29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	29 / 100	structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #11

#1: RNA鎖	FRAGMENT OF 18S RIBOSOMAL RNA 分子量: 8672.185 Da / 分子数: 1 断片: 18S RNA - NUCLEOTIDES 1404-1412, 1488-1497 (E. COLI NUMBERING) 変異: U1410A, A1490U / 由来タイプ: 合成詳細: This sequence of 18S RNA occurs in Tetrahymena thermophila
#2: 化合物	ChemComp-PAR / PAROMOMYCIN / PAROMOMYCIN I / AMMINOSIDIN / CATENULIN / CRESTOMYCIN / MONOMYCIN A / NEOMYCIN E / パロモマイシン分子量: 615.628 Da / 分子数: 1 / 断片: PAROMOMYCIN / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₄₅N₅O₁₄ / コメント: 抗菌剤, 薬剤*YM

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	3D 13C-separated NOESY
1	4	1	2D NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 3 mM RNA, 3 mM paromomycin, 10 mM Naphosphate, pH 6.3, 13C/15N RNA 溶媒系: 10% D2O/ 90% H2O; 100% D2O
試料状態	イオン強度: 10 mM / pH: 6.3 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	500	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	2

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解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1		collection
VNMR	6.1		解析
Felix	98		解析
X-PLOR	3.83	Brunger	精密化
X-PLOR	3.83	Brunger	構造決定

精密化

手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: 605 NOEs, 122 dihedral constraints, and 36 hydrogen bonds

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 29

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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