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万見
- PDB-2m3y: DNA containing a cluster of 8-oxo-guanine and abasic site lesion:... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m3y
タイトルDNA containing a cluster of 8-oxo-guanine and abasic site lesion: beta anomer
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*CP*(AAB)P*CP*AP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*(8OG)P*CP*G)-3')
キーワードDNA / DNA lesion cluster / 8-oxo-guanine / abasic site
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Zalesak, J. / Jourdan, M. / Constant, J. / Lourdin, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure and dynamics of DNA duplexes containing a cluster of mutagenic 8-oxoguanine and abasic site lesions.
著者: Zalesak, J. / Lourdin, M. / Krejc, L. / Constant, J.F. / Jourdan, M.
履歴
登録2013年1月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 1.22014年7月30日Group: Non-polymer description
改定 1.32023年6月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*CP*(AAB)P*CP*AP*CP*GP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*(8OG)P*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6332
ポリマ－6,6332
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*CP*(AAB)P*CP*AP*CP*GP*C)-3')


分子量: 3162.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*(8OG)P*CP*G)-3')


分子量: 3471.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D 1H-1H NOESY
1312D DQF-COSY

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試料調製

詳細内容: 0.55 mM DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*CP*AAB*CP*AP*CP*GP*C)-3'), 0.55 mM DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*(8OG)P*CP*G)-3'), 100% D2O
溶媒系: 100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
0.55 mMDNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*CP*AAB*CP*AP*CP*GP*C)-3')-11
0.55 mMDNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*(8OG)P*CP*G)-3')-21
試料状態イオン強度: 120 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UnityPlus / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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