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万見
- PDB-1iap: CRYSTAL STRUCTURE OF P115RHOGEF RGRGS DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iap
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF P115RHOGEF RGRGS DOMAIN
要素GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR P115RHOGEF
キーワードSIGNALING PROTEIN / p115 / RhoGEF / RGS / RGRGS
機能・相同性
機能・相同性情報


Rho-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / RHOC GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / Rho protein signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / GTPase activator activity / G protein-coupled receptor binding ...Rho-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / RHOC GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / Rho protein signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / GTPase activator activity / G protein-coupled receptor binding / G alpha (12/13) signalling events / G protein-coupled receptor signaling pathway / RNA binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
p115RhoGEF, RGS domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G protein signalling-like domain / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Dbl homology (DH) domain superfamily ...p115RhoGEF, RGS domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G protein signalling-like domain / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho guanine nucleotide exchange factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sprang, S.R. / Chen, Z.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structure of the rgRGS domain of p115RhoGEF.
著者: Chen, Z. / Wells, C.D. / Sternweis, P.C. / Sprang, S.R.
履歴
登録2001年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR P115RHOGEF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2771
ポリマ－24,2771
非ポリマー00
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.859, 37.432, 128.171
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR P115RHOGEF


分子量: 24276.924 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL RGS DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PTRCC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q92888
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: PEG 3350, ammonium formate, CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / PH range low: 9.6 / PH range high: 9.3
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
118-22 %(w/v)PEG33501reservoir
283 mMCHES1reservoir
380-240 mMammonium formate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→16 Å / Num. all: 14781 / Num. obs: 13303 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 1152 / Rsym value: 0.485 / % possible all: 79.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 79.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SE-MET STRUCTURE OF THE SAME PROTEIN SOLVED BY MAD PHASING FROM A FOUR-WAVELENGTH MAD DATASET COLLECTED AT CHESS F2 BEAMLINE (UNPUBLISHED DATA)

解像度: 1.9→15.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1423020.44 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 1352 10.3 %RANDOM
Rwork0.219 ---
all0.24 14639 --
obs0.219 13175 90 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.57 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.72 Å20 Å20 Å2
2---3.48 Å20 Å2
3----8.24 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→15.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1534 0 0 91 1625
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.98
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 181 9.4 %
Rwork0.304 1754 -
obs-1965 81.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.3 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 33 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.98
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.339 / % reflection Rfree: 9.4 % / Rfactor Rwork: 0.304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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