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万見
- PDB-1htz: CRYSTAL STRUCTURE OF TEM52 BETA-LACTAMASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1htz
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TEM52 BETA-LACTAMASE
要素BETA-LACTAMASE MUTANT TEM52
キーワードHYDROLASE / Mutant form of beta-lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Stevens, R.C. / Orencia, M.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Predicting the emergence of antibiotic resistance by directed evolution and structural analysis.
著者: Orencia, M.C. / Yoon, J.S. / Ness, J.E. / Stemmer, W.P. / Stevens, R.C.
履歴
登録2001年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMASE MUTANT TEM52
B: BETA-LACTAMASE MUTANT TEM52
C: BETA-LACTAMASE MUTANT TEM52
D: BETA-LACTAMASE MUTANT TEM52
E: BETA-LACTAMASE MUTANT TEM52
F: BETA-LACTAMASE MUTANT TEM52


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,6526
ポリマ－173,6526
非ポリマー00
水10,539585
1
A: BETA-LACTAMASE MUTANT TEM52


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9421
ポリマ－28,9421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BETA-LACTAMASE MUTANT TEM52


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9421
ポリマ－28,9421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: BETA-LACTAMASE MUTANT TEM52


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9421
ポリマ－28,9421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: BETA-LACTAMASE MUTANT TEM52


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9421
ポリマ－28,9421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: BETA-LACTAMASE MUTANT TEM52


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9421
ポリマ－28,9421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: BETA-LACTAMASE MUTANT TEM52


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9421
ポリマ－28,9421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.382, 88.382, 500.395
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
BETA-LACTAMASE MUTANT TEM52 / 3.5.2.6 HYDROLASE


分子量: 28941.998 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / プラスミド: PET30A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9R435, beta-lactamase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16% PEG8K, 125 mM MgOAc, 25mM Na citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
114 mg/mlprotein1drop
216 %PEG80001reservoir
3125 mM1reservoirMgOAc
425 mMNa citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年1月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: ALS 5.0.2 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 73211 / Num. obs: 69960 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 43.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / % possible all: 80
反射
*PLUS
Num. measured all: 736906
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TEM

1tem


解像度: 2.4→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: 5 of 6 molecules refined using NCS, 6th molecule different due to packing. Pseudo-6 fold symmetry, attempts to process data as hexagonal or rhombohedral were unsuccessful
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 3575 5 %Random
Rwork0.217 ---
all0.217 73211 --
obs-69960 91 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12168 0 0 587 12755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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