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- PDB-1htb: CRYSTALLIZATION OF HUMAN BETA3 ALCOHOL DEHYDROGENASE (10 MG/ML) I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1htb
タイトルCRYSTALLIZATION OF HUMAN BETA3 ALCOHOL DEHYDROGENASE (10 MG/ML) IN 100 MM SODIUM PHOSPHATE (PH 7.5), 7.5 MM NAD+ AND 1 MM 4-IODOPYRAZOLE AT 25 C
要素BETA3 ALCOHOL DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / NAD+ DEPENDENT ALCOHOL DEHYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) / Ethanol oxidation / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / retinoid metabolic process / ciliary basal body / cilium / zinc ion binding ...all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) / Ethanol oxidation / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / retinoid metabolic process / ciliary basal body / cilium / zinc ion binding / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 4-IODOPYRAZOLE / All-trans-retinol dehydrogenase [NAD(+)] ADH1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hurley, T.D. / Davis, G.J.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: X-ray structure of human beta3beta3 alcohol dehydrogenase. The contribution of ionic interactions to coenzyme binding.
著者: Davis, G.J. / Bosron, W.F. / Stone, C.L. / Owusu-Dekyi, K. / Hurley, T.D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Structure of Three Human Beta Alcohol Dehydrogenase Variants
著者: Hurley, T.D. / Bosron, W.F. / Stone, C.L. / Amzel, L.M.
履歴
登録1995年8月10日処理サイト: BNL
改定 1.01995年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA3 ALCOHOL DEHYDROGENASE
B: BETA3 ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,45011
ポリマ－79,4382
非ポリマー2,0129
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6960 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area25990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.030, 44.430, 92.740
Angle α, β, γ (deg.)92.71, 103.17, 69.15
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 62 / 2: CIS PROLINE - PRO B 62
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.0737, 0.9799, -0.1853), (0.9784, -0.1071, -0.1768), (-0.193, -0.1683, -0.9667)
ベクター: -10.218, -6.415, -90.967)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 BETA3 ALCOHOL DEHYDROGENASE / BETA3 ADH


分子量: 39719.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HOMODIMERIC WITH ONE NAD+ AND ONE 4-IODOPYRAZOLE PER SUBUNIT
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HUMAN BETA3 CDNA / 器官: LIVER / プラスミド: PKK223-3 / 遺伝子 (発現宿主): HUMAN BETA3 CDNA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00325, alcohol dehydrogenase

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非ポリマー , 5種, 151分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-PYZ / 4-IODOPYRAZOLE / 4-ヨ-ド-1H-ピラゾ-ル


分子量: 193.974 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H3IN2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.71 %
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlrecombinant human beta31drop
2100 mMsodium phosphate1drop
37.5 mMNAD+1drop
41 mM4-iodopyrazole1drop
516.5 %(w/v)PEG80001drop

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データ収集

放射光源波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年2月14日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→47.97 Å / Num. obs: 26989 / % possible obs: 83.7 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Num. measured all: 53103 / Rmerge(I) obs: 0.1
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.51 Å / % possible obs: 70 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RAXISIIC DATA PROCESSING SOFTWARE T. HAGASHIデータ収集
RIGAKUCORPORATIONデータ収集
JAPANデータ収集
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
R-AXISIIC (HAGASHI/RIGAKU)データ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 1
詳細: THE FOLLOWING DISTANCES ARE SIMILAR TO THOSE FOUND IN 1HDY (REFERENCE 1 ABOVE) AND ARE ALSO SIMILAR TO THE INTERACTION DISTANCES REPORTED BY EKLUND, H., SAMAMA, J.-P., WALLEN, L. (1982) ...詳細: THE FOLLOWING DISTANCES ARE SIMILAR TO THOSE FOUND IN 1HDY (REFERENCE 1 ABOVE) AND ARE ALSO SIMILAR TO THE INTERACTION DISTANCES REPORTED BY EKLUND, H., SAMAMA, J.-P., WALLEN, L. (1982) PYRAZOLE BINDING IN CRYSTALLINE BINARY AND TERNARY COMPLEXES WITH LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE. BIOCHEMISTRY, VOL. 21, PP. 4858 - 4866) BETWEEN 4-IODOPYRAZOLE AND HORSE LIVER EE ADH (NO PDB ENTRY). SIMILAR CONTACT DISTANCES ARE ALSO FOUND IN 1DEH. 4-IODOPYRAZOLE FORMS A TRANSITION-STATE-LIKE COMPLEX WITH ADH AND EXHIBITS NEARLY COVALENT BOND CONTACT DISTANCES BETWEEN ITS TWO ADJACENT NITROGENS AND THE C4 ATOM OF NAD+ AND THE CATALYTIC ZINC ATOM: 377 A NAD NC4 378 A PYZ N2 HET-HET 1.7 376 B ZN ZN 378 B PYZ N1 HET-HET 2.0 377 B NAD NC4 378 B PYZ N2 HET-HET 2.1 376 A ZN ZN 378 A PYZ N1 HET-HET 2.3 RESIDUE ILE 368 IS AN OUTLIER IN THE RAMACHANDRAN PLOT. IT LIES IN THIS REGION OF THE RAMACHANDRAN PLOT IN ALL ADH STRUCTURES DEPOSITED IN THE DATA BANK. THUS, IT APPEARS THAT LOCAL STRUCTURAL FEATURES CONSTRAIN ITS CONFORMATION TO THIS POSITION. SER B 298 APPEARS TO OCCUPY AT LEAST TWO DISTINCT CONFORMATIONS. THE AUTHORS HAVE NOT ATTEMPTED TO MODEL POSITIONAL DISORDER, BUT ANY ONE CONFORMATION DOES NOT REFINE WELL TO THE OBSERVED DENSITY. THIS PROBLEM DOES NOT OCCUR IN THE A SUBUNIT.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 -7 %
Rwork0.175 --
obs0.175 25643 85.9 %
原子変位パラメータBiso mean: 24.3 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5552 0 105 142 5799
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.65
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.22
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.28
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 8 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.22
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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