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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hlu | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF BOVINE BETA-ACTIN-PROFILIN COMPLEX WITH ACTIN BOUND ATP PHOSPHATES SOLVENT ACCESSIBLE | ||||||
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![]() | COMPLEX (ACETYLATION/ACTIN-BINDING) / COMPLEX (ACETYLATION-ACTIN-BINDING) / ACTIN / PROFILIN / CONFORMATIONAL CHANGES / CYTOSKELETON / COMPLEX (ACETYLATION-ACTIN-BINDING) complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() PCP/CE pathway / Adherens junctions interactions / Cell-extracellular matrix interactions / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / MAP2K and MAPK activation / RHOF GTPase cycle / EPHB-mediated forward signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation ...PCP/CE pathway / Adherens junctions interactions / Cell-extracellular matrix interactions / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / MAP2K and MAPK activation / RHOF GTPase cycle / EPHB-mediated forward signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / DNA Damage Recognition in GG-NER / UCH proteinases / VEGFA-VEGFR2 Pathway / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / positive regulation of actin filament bundle assembly / dense body / regulation of actin filament polymerization / Clathrin-mediated endocytosis / NuA4 histone acetyltransferase complex / axonogenesis / cell motility / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / actin cytoskeleton / actin binding / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / hydrolase activity / axon / focal adhesion / synapse / protein kinase binding / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chik, J.K. / Lindberg, U. / Schutt, C.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of an open state of beta-actin at 2.65 A resolution. 著者: Chik, J.K. / Lindberg, U. / Schutt, C.E. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Structure Determination of Bovine Profilin at 2.0 A Resolution 著者: Cedergren-Zeppezauer, E.S. / Goonesekere, N.C. / Rozycki, M.D. / Myslik, J.C. / Dauter, Z. / Lindberg, U. / Schutt, C.E. #2: ![]() タイトル: The Structure of Crystalline Profilin-Beta-Actin 著者: Schutt, C.E. / Myslik, J.C. / Rozycki, M.D. / Goonesekere, N.C. / Lindberg, U. #3: ![]() タイトル: Molecular Packing in Profilin: Actin Crystals and its Implications 著者: Schutt, C.E. / Lindberg, U. / Myslik, J. / Strauss, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 87.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 467.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 493.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2btfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41690.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 14968.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 化合物 | ChemComp-ATP / |
構成要素の詳細 | THIS COMPLEX CONTAINS PROFILIN BOUND TO BETA-ACTIN (NONMUSCLE ISOFORM OF ACTIN). THE COMPLEX ...THIS COMPLEX CONTAINS PROFILIN BOUND TO BETA-ACTIN (NONMUSCLE ISOFORM OF ACTIN). THE COMPLEX REPRESENTE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 % |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: Rozycki, M.D., (1991) Methods Enzymol., 196, 100. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1995年6月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 13869 / % possible obs: 87.3 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.267 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 69 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 69 % / Num. unique obs: 533 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2BTF 解像度: 2.65→8 Å / σ(F): 2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 17.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.65 Å / 最低解像度: 2.77 Å / Num. reflection obs: 1165 |