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万見
- PDB-1hkh: unligated gamma lactamase from an Aureobacterium species -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hkh
タイトルunligated gamma lactamase from an Aureobacterium species
要素GAMMA LACTAMASE
キーワードHYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE / CO-FACTOR FREE HALOPEROXIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase activity
類似検索 - 分子機能
: / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Co-factor free haloperoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種MICROBACTERIUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Line, K. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2004
タイトル: The crystal structure of a (-) gamma-lactamase from an Aureobacterium species reveals a tetrahedral intermediate in the active site.
著者: Line, K. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A.
履歴
登録2003年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_special_symmetry / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GAMMA LACTAMASE
B: GAMMA LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9494
ポリマ－61,7572
非ポリマー1922
水15,187843
1
A: GAMMA LACTAMASE
ヘテロ分子

A: GAMMA LACTAMASE
ヘテロ分子

A: GAMMA LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9236
ポリマ－92,6353
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_555z,-x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation48_555-y+1/2,-z+1/2,x1
手法PQS
2
B: GAMMA LACTAMASE
ヘテロ分子

B: GAMMA LACTAMASE
ヘテロ分子

B: GAMMA LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9236
ポリマ－92,6353
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation34_555-y+1/2,z,-x+1/21
crystal symmetry operation43_555-z+1/2,-x+1/2,y1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)240.874, 240.874, 240.874
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2003-

HOH

21B-2006-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.32713, 0.77924, -0.53457), (0.53979, 0.31023, 0.78255), (0.77564, -0.54455, -0.31914)
ベクター: 99.61824, -112.95067, -8.86623)

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要素

#1: タンパク質 GAMMA LACTAMASE / CO-FACTOR FREE HALOPEROXIDASE (BY IDENTITY)


分子量: 30878.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MICROBACTERIUM (バクテリア) / 解説: CHIROTECH CULTURE COLLECTION / プラスミド: PTRC99 / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GJP7
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 843 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細NAMED CO-FACTOR FREE HALOPEROXIDASE DUE TO HIGH SEQUENCE ID

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.73 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.00
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mMsodium phosphate1droppH7.5
2100 %satammonium sulfate1drop
310 mg/mlprotein1drop
458 %satammonium sulfate1reservoir
550 mMTris-HCl1reservoirpH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8482
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8482 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→11 Å / Num. obs: 119247 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 24.76
反射 シェル解像度: 1.73→1.76 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 5.23 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 1.73 Å / 最低解像度: 11 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.39 % / Rmerge(I) obs: 0.108
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 5.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BRO

1bro


解像度: 1.73→11 Å / SU B: 1.055 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.059 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1582 2400 2 %RANDOM
Rwork0.1443 ---
obs-119247 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4376 0 10 843 5229
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.158 / Rfactor Rwork: 0.144
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.0130.021
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.3471.938

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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