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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pwy | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PNP COMPLEXED WITH ACYCLOVIR | ||||||
![]() | Purine nucleoside phosphorylase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE / DRUG DESIGN / SYNCHROTRON / ACYCLOVIR | ||||||
機能・相同性 | ![]() nicotinamide riboside catabolic process / Defective PNP disrupts phosphorolysis of (deoxy)guanosine and (deoxy)inosine / purine-containing compound salvage / deoxyinosine catabolic process / purine nucleobase binding / nucleotide biosynthetic process / deoxyadenosine catabolic process / dAMP catabolic process / inosine catabolic process / urate biosynthetic process ...nicotinamide riboside catabolic process / Defective PNP disrupts phosphorolysis of (deoxy)guanosine and (deoxy)inosine / purine-containing compound salvage / deoxyinosine catabolic process / purine nucleobase binding / nucleotide biosynthetic process / deoxyadenosine catabolic process / dAMP catabolic process / inosine catabolic process / urate biosynthetic process / IMP catabolic process / Ribavirin ADME / guanosine phosphorylase activity / nucleoside binding / allantoin metabolic process / Purine salvage / Purine catabolism / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine ribonucleoside salvage / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / nucleobase-containing compound metabolic process / phosphate ion binding / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / immune response / response to xenobiotic stimulus / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dos Santos, D.M. / Canduri, F. / Pereira, J.H. / Vinicius Bertacine Dias, M. / Silva, R.G. / Mendes, M.A. / Palma, M.S. / Basso, L.A. / De Azevedo, W.F. / Santos, D.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of human purine nucleoside phosphorylase complexed with acyclovir. 著者: dos Santos, D.M. / Canduri, F. / Pereira, J.H. / Vinicius Bertacine Dias, M. / Silva, R.G. / Mendes, M.A. / Palma, M.S. / Basso, L.A. / de Azevedo, W.F. / Santos, D.S. #1: ![]() タイトル: Application of Crystallographic and Modeling Methods in the Design of Purine Nucleoside Phosphorylase Inhibitors 著者: Ealick, S.E. / Babu, Y.S. / Bugg, C.E. / Erion, M.D. / Guida, W.C. / Montgomery, J.A. / Secrist III, J.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 457.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1m73S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A TRIMER GENERATED FROM THE MONOMER IN THE ASYMMETRIC UNIT |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32053.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH ACYCLOVIR / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-AC2 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: 17.5% AMMONIUM SULFATE, pH 5.30, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / pH: 7.1 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 104 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月16日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.8→56.381 Å / Num. all: 50231 / Num. obs: 34461 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 7.5 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.376 / % possible all: 96.4 | |||||||||
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Num. obs: 13520 / Num. measured all: 34461 / Rmerge F obs: 0.071 | |||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.4 % / Rmerge(I) obs: 0.376 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1M73 解像度: 2.8→7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 39.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.34 Å / Luzzati d res low obs: 7 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→7 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 7 Å / % reflection Rfree: 10 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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