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万見
- PDB-1hg7: High resolution structure of HPLC-12 type III antifreeze protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hg7
タイトルHigh resolution structure of HPLC-12 type III antifreeze protein from Ocean Pout Macrozoarces americanus
要素HPLC-12 TYPE III ANTIFREEZE PROTEIN
キーワードANTIFREEZE PROTEIN / OCEAN POUT / MACROZOARCES AMERICANUS / ICE-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Antifreeze, type III / Type Iii Antifreeze Protein Isoform Hplc 12 / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal / Antifreeze protein-like domain profile. / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type-3 ice-structuring protein HPLC 12
類似検索 - 構成要素
生物種MACROZOARCES AMERICANUS (魚類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Antson, A.A. / Smith, D.J. / Roper, D.I. / Lewis, S. / Caves, L.S.D. / Verma, C.S. / Buckley, S.L. / Lillford, P.J. / Hubbard, R.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Understanding the Mechanism of Ice Binding by Type III Antifreeze Protein
著者: Antson, A.A. / Smith, D.J. / Roper, D.I. / Lewis, S. / Caves, L.S.D. / Verma, C.S. / Buckley, S.L. / Lillford, P.J. / Hubbard, R.E.
履歴
登録2000年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HPLC-12 TYPE III ANTIFREEZE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1352
ポリマ－7,0391
非ポリマー961
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)32.218, 39.127, 44.694
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HPLC-12 TYPE III ANTIFREEZE PROTEIN


分子量: 7039.351 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MACROZOARCES AMERICANUS (魚類) / 組織: BLOOD SERUM / 遺伝子: RECOMBINANT TYPE III AFP HPURCE 10 FRACTION 12 / Variant: HPLC-12 COMPONENT / プラスミド: PET22B
遺伝子 (発現宿主): RECOMBINANT TYPE III AFP HPURCE 10 FRACTION 12
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19614
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN A ENGINEERED MUTATION PRO64ALA, PRO65ALA, ALA66 DELETION MUTATNT ANTIFREEZE PROTEINS LOWER ...CHAIN A ENGINEERED MUTATION PRO64ALA, PRO65ALA, ALA66 DELETION MUTATNT ANTIFREEZE PROTEINS LOWER THE BLOOD FREEZING POINT BY DISRUPTING THE ICE STRUCTURE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.8 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: 50% AMMONIUM SULFATE, 0.1M SODIUM ACETATE, PH 4.6
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 40.2 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 5 / PH range high: 4.6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
245 %(w/v)ammonium sulfate1reservoir
30.1 Msodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.91
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→45 Å / Num. obs: 20883 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 1.15→1.17 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.493 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 45 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
CCP4データスケーリング
SHELXL位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GZI

1gzi


解像度: 1.15→40 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.169 -10 %
all0.12 20679 -
obs0.12 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数488 0 5 154 647
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 4 / Num. reflection Rfree: 2066 / Rfactor all: 0.12 / Rfactor obs: 0.104 / Rfactor Rwork: 0.12
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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