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万見
- PDB-1hcj: Photoproduct of the wild-type Aequorea victoria Green Fluorescent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hcj
タイトルPhotoproduct of the wild-type Aequorea victoria Green Fluorescent Protein
要素GREEN FLUORESCENT PROTEIN
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / FLUORESCENT PROTEIN / BETA-BARREL / BIOLUMINESCENCE / LUMINESCENCE
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種AEQUOREA VICTORIA (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Van Thor, J.J. / Gensch, T. / Hellingwerf, K.J. / Johnson, L.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Phototransformation of Green Fluorescent Protein with Uv and Visible Light Leads to Decarboxylation of Glutamate 222
著者: Van Thor, J.J. / Gensch, T. / Hellingwerf, K.J. / Johnson, L.
履歴
登録2001年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月5日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年5月15日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Database references / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12023年12月13日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEET PRESENTED FOR EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEET PRESENTED FOR EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 11-STRANDED BARREL THAT IS REPRESENTED BY A 12-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GREEN FLUORESCENT PROTEIN
B: GREEN FLUORESCENT PROTEIN
C: GREEN FLUORESCENT PROTEIN
D: GREEN FLUORESCENT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,5494
ポリマ－107,5494
非ポリマー00
水11,403633
1
A: GREEN FLUORESCENT PROTEIN
D: GREEN FLUORESCENT PROTEIN

A: GREEN FLUORESCENT PROTEIN
D: GREEN FLUORESCENT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,5494
ポリマ－107,5494
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
Buried area6150 Å2
ΔGint-44.8 kcal/mol
Surface area44060 Å2
手法PQS
2
B: GREEN FLUORESCENT PROTEIN
C: GREEN FLUORESCENT PROTEIN

B: GREEN FLUORESCENT PROTEIN
C: GREEN FLUORESCENT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,5494
ポリマ－107,5494
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_757-x+2,y,-z+21
Buried area6230 Å2
ΔGint-15.6 kcal/mol
Surface area43750 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.770, 65.670, 110.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.88, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質
GREEN FLUORESCENT PROTEIN / GFP


分子量: 26887.346 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) AEQUOREA VICTORIA (オワンクラゲ)
組織: CIRCUMORAL RING CANAL / 遺伝子: GFP / 器官: PHOTOGENIC ORGAN / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): GFP / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細MUTATION GLN80ARG OTHER_DETAILS: THE CHROMOPHORE, P-HYDROXYBENZYLIDENE-IMIDAZOLIDINONE (GYS), IS ...MUTATION GLN80ARG OTHER_DETAILS: THE CHROMOPHORE, P-HYDROXYBENZYLIDENE-IMIDAZOLIDINONE (GYS), IS AUTO-CATALYTICALLY FORMED VIA CYCLISATION IN THE TRIPEPTIDE SER65-TYR66-GLY67
配列の詳細MODRES: 1HCJ GYS A 66() GLU 222 SIDECHAIN IS SPECIFICALLY DECARBOXYLATED AS A RESULT OF ...MODRES: 1HCJ GYS A 66() GLU 222 SIDECHAIN IS SPECIFICALLY DECARBOXYLATED AS A RESULT OF PHOTOTRANSFORMATION. OE1, OE2, CD ATOMS ARE NOT PRESENT FOR THIS RESIDUE IN ALL CHAINS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 277 K / pH: 7.8
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 4C FROM 50 MM MGCL2, 14-17 % PEG3350 AND 50-100 MM TRIS/CL PH 7.8 - 8.6.
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-Cl1droppH7.8
30.01 %(w/v)1dropNaN3
450 mM1reservoirMgCl2
514-17 %(w/v)PEG33501reservoir
650-100 mMTris-Cl1reservoirpH7.8-8.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月15日 / 詳細: SAGITALLY FOCUSING GE(220
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→33.15 Å / Num. obs: 92677 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.251 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 96.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 519063
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GFL

1gfl


解像度: 1.8→33.15 Å / SU B: 3.82 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.151
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 4504 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs-92677 97.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7246 0 0 633 7879
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0180.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0390.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0770.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.882
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.543
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.512
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.73
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0290.0137
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1840.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2610.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1650.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor9.97
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor17.715
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor19.420
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.209
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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