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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h8x | ||||||
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タイトル | Domain-swapped Dimer of a Human Pancreatic Ribonuclease Variant | ||||||
要素 | RIBONUCLEASE 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / RIBONUCLEASE / RNASE / HUMAN PANCREATIC RIBONUCLEASE / DOMAIN- SWAPPED DIMER | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / Late endosomal microautophagy / Chaperone Mediated Autophagy / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Canals, A. / Pous, J. / Guasch, A. / Benito, A. / Ribo, M. / Vilanova, M. / Coll, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2001 タイトル: The Structure of an Engineered Domain-Swapped Ribonuclease Dimer and its Implications for the Evolution of Proteins Toward Oligomerization 著者: Canals, A. / Pous, J. / Guasch, A. / Benito, A. / Ribo, M. / Vilanova, M. / Coll, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1h8x.cif.gz | 70.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1h8x.ent.gz | 52.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1h8x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1h8x_validation.pdf.gz | 370 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1h8x_full_validation.pdf.gz | 375 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1h8x_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1h8x_validation.cif.gz | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/1h8x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/1h8x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1dzaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14454.169 Da / 分子数: 2 / 断片: RNASE 1, HP-RNASE / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RESIDIE 100 IS A FORMILMETHIONINE (FME) / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: SYNTHETIC GENE / 遺伝子: PM8 / 器官: PANCREAS / プラスミド: PM8 / 遺伝子 (発現宿主): PM8 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07998, EC: 3.1.27.5 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | CHAIN A, B ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 30 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 9 / 詳細: pH 9.00 | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→13 Å / Num. obs: 17315 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 33.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 13 Å / Num. obs: 16247 / 冗長度: 3.4 % / Num. measured all: 56729 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.12 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1DZA 解像度: 2→12 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: DENSITY MODIFICATION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rwork: 0.27 |