[日本語] English
万見
- PDB-1dza: 3-D structure of a HP-RNase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dza
タイトル3-D structure of a HP-RNase
要素RIBONUCLEASE 1リボヌクレアーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / RIBONUCLEASE (リボヌクレアーゼ) / RNASE (リボヌクレアーゼ) / HUMAN PANCREATIC RIBONUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / Late endosomal microautophagy / Chaperone Mediated Autophagy / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Pous, J. / Canals, A. / Terzyan, S.S. / Guasch, A. / Benito, A. / Ribo, M. / Vilanova, M. / Coll, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Three-Dimensional Structure of a Human Pancreatic Ribonuclease Variant, a Step Forward in the Design of Cytotoxic Ribonucleases
著者: Pous, J. / Canals, A. / Terzyan, S.S. / Guasch, A. / Benito, A. / Ribo, M. / Vilanova, M. / Coll, M.
履歴
登録2000年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月7日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年12月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE 1
B: RIBONUCLEASE 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1452
ポリマ－29,1452
非ポリマー00
水4,918273
1
A: RIBONUCLEASE 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5721
ポリマ－14,5721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: RIBONUCLEASE 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5721
ポリマ－14,5721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)27.850, 67.420, 114.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE 1 / リボヌクレアーゼ / RNASE 1 / HP-RNASE


分子量: 14572.326 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 100A FORMILMETHIONINE (FME) / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: SYNTHETIC GENE / 遺伝子: PM7 / 器官: PANCREAS膵臓 / プラスミド: PM7 / 遺伝子 (発現宿主): PM7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07998, EC: 3.1.27.5
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細MUTATIONS: R104A, K106A, Q109E, D116G, S117N, P150S;

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.8 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.50
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/ml1drop
230-35 %(v/v)PEG40001reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.8342
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8342 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→19.9 Å / Num. obs: 25881 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 17.826 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 3.3
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.337 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.255 / % possible all: 63.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 80829
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 63.2 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7RSA

7rsa


解像度: 1.65→19.9 Å / SU B: 2.13159 / SU ML: 0.07304 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.11915 / ESU R Free: 0.12127
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1973 10 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.177 25108 96.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1909 0 0 273 2182
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0090.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0260.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0280.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.3332
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.2413
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.012
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.3783
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0219
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1150.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.170.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2450.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1140.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.77
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor12.415
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor17.720
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る