+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gy6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NTF2 from rat, ammonium sulphate conditions | ||||||
要素 | NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2 | ||||||
キーワード | NUCLEAR TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of vascular endothelial growth factor production / protein localization to nuclear pore / nuclear pore central transport channel / structural constituent of nuclear pore / nuclear outer membrane / nucleocytoplasmic transport / nuclear inner membrane / nuclear import signal receptor activity / mRNA transport / protein export from nucleus ...negative regulation of vascular endothelial growth factor production / protein localization to nuclear pore / nuclear pore central transport channel / structural constituent of nuclear pore / nuclear outer membrane / nucleocytoplasmic transport / nuclear inner membrane / nuclear import signal receptor activity / mRNA transport / protein export from nucleus / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / nuclear membrane / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Bayliss, R. / Stewart, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2002 タイトル: Structural Basis for the Interaction between Ntf2 and Nucleoporin Fxfg Repeats 著者: Bayliss, R. / Leung, S. / Baker, R. / Quimby, B. / Corbett, A. / Stewart, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gy6.cif.gz | 63.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1gy6.ent.gz | 47.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gy6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/1gy6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/1gy6 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14491.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P13662, UniProt: P61972*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.51 % |
---|---|
結晶化 | pH: 5.5 詳細: 100MM AMMONIUM ACETATE PH 5.5, 1.2M AMMONIUM SULPHATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→36.3 Å / Num. obs: 36958 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 24.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 93.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 234160 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.5 % / Rmerge(I) obs: 0.19 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1OUN 解像度: 1.6→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.5 |