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- PDB-1gvt: Endothiapepsin complex with CP-80,794 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gvt
タイトルEndothiapepsin complex with CP-80,794
要素ENDOTHIAPEPSIN
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / ASPARTIC PROTEINASE MECHANISM / TETRAHEDRAL INTERMEDIATE / HYDROLASE- HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Terlakiren inhibitor CP-80,794 / Chem-2ZS / Endothiapepsin
類似検索 - 構成要素
生物種ENDOTHIA PARASITICA (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 0.98 Å
データ登録者Coates, L. / Erskine, P.T. / Crump, M.P. / Wood, S.P. / Cooper, J.B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Five Atomic Resolution Structures of Endothiapepsin Inhibitor Complexes: Implications for the Aspartic Proteinase Mechanism
著者: Coates, L. / Erskine, P.T. / Crump, M.P. / Wood, S.P. / Cooper, J.B.
履歴
登録2002年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年11月30日Group: Other
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOTHIAPEPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6094
ポリマ－33,7961
非ポリマー8133
水8,521473
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)42.720, 74.410, 42.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ENDOTHIAPEPSIN / ASPARTATE PROTEASE


分子量: 33795.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ENDOTHIA PARASITICA (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物 ChemComp-2ZS / N-(morpholin-4-ylcarbonyl)-L-phenylalanyl-N-[(1R,2S)-1-(cyclohexylmethyl)-2-hydroxy-3-(1-methylethoxy)-3-oxopropyl]-S-methyl-L-cysteinamide / CP-80,794 / CP-80794


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 620.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H48N4O7S / 参照: Terlakiren inhibitor CP-80,794
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細SUBCOMPONENT MOR IN THE INHIBITOR 2ZS IS A MORPHOLINE GROUP. SUBCOMPONENT NOR IS CYCLOHEXYL- ...SUBCOMPONENT MOR IN THE INHIBITOR 2ZS IS A MORPHOLINE GROUP. SUBCOMPONENT NOR IS CYCLOHEXYL-NORSTATINE (I.E. IT HAS A -CHOH-CO-O-CH(CH(3))(2) GROUP IN THE MAIN CHAIN AND A CYCLOHEXYLALANINE SIDE CHAIN.
配列の詳細ASP A54 AND GLY A55 HAVE CYCLISED TO FORM A SUCCINIMIDE, A54.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.62 %
結晶化pH: 4.5 / 詳細: PH 4.50
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.0 mg/mlenzyme11
2100 mMsodium acetate11

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.98→10 Å / Num. obs: 149856 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 0.98→1.03 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 10 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.074
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 0.98→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.132 6987 5 %RANDOM
all0.11 149856 --
obs0.11 -99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS AND KRETSINGER
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.98→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2388 0 53 473 2914
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.092
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.096
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.119
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.093
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Rfactor Rfree: 0.1314 / Rfactor Rwork: 0.1102
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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