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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gtm | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF GLUTAMATE DEHYDROGENASE | ||||||
![]() | GLUTAMATE DEHYDROGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NAD / NADP | ||||||
機能・相同性 | ![]() glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / amino acid metabolic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yip, K.S.P. / Stillman, T.J. / Britton, K.L. / Pasquo, A. / Rice, D.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of Pyrococcus furiosus glutamate dehydrogenase reveals a key role for ion-pair networks in maintaining enzyme stability at extreme temperatures. 著者: Yip, K.S. / Stillman, T.J. / Britton, K.L. / Artymiuk, P.J. / Baker, P.J. / Sedelnikova, S.E. / Engel, P.C. / Pasquo, A. / Chiaraluce, R. / Consalvi, V. / Scandurra, R. / Rice, D.W. #1: ![]() タイトル: Insights Into Thermal Stability from a Comparison of the Glutamate Dehydrogenases from Pyrococcus Furiosus and Thermococcus Litoralis 著者: Britton, K.L. / Baker, P.J. / Borges, K.M. / Engel, P.C. / Pasquo, A. / Rice, D.W. / Robb, F.T. / Scandurra, R. / Stillman, T.J. / Yip, K.S. #2: ![]() タイトル: Crystallisation of the Nad(P)-Dependent Glutamate Dehydrogenase from the Hyperthermophile Pyrococcus Furiosus 著者: Yip, K.S.P. / Stillman, T.J. / Baker, P.J. / Britton, K.L. / Engel, P.C. / Sedelnikova, S.E. / Rice, D.W. / Pasquo, A. / Chiaraluce, R. / Consalvi, V. / Scandurra, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 252.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 206.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46982.590 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.4 % | ||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 290 K / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Yip, K.S.P., (1995) Acta Crystallogr.,Sect.D, 51, 240. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年9月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 115181 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.043 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 冗長度: 2.58 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→10 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 115153 / Rfactor obs: 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_angle_deg / Dev ideal: 2.85 |