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- PDB-1gk4: HUMAN VIMENTIN COIL 2B FRAGMENT (CYS2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gk4
タイトルHUMAN VIMENTIN COIL 2B FRAGMENT (CYS2)
要素VIMENTIN
キーワードVIMENTIN / INTERMEDIATE FILAMENT / DIMER / PARALLEL COILED COIL / HEPTAD REPEAT / STUTTER
機能・相同性
機能・相同性情報


keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / intermediate filament cytoskeleton / Striated Muscle Contraction / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament ...keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / intermediate filament cytoskeleton / Striated Muscle Contraction / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament / cell leading edge / microtubule organizing center / Bergmann glial cell differentiation / positive regulation of collagen biosynthetic process / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / phagocytic vesicle / regulation of mRNA stability / Late endosomal microautophagy / structural constituent of cytoskeleton / cellular response to type II interferon / nuclear matrix / Chaperone Mediated Autophagy / Aggrephagy / neuron projection development / peroxisome / double-stranded RNA binding / negative regulation of neuron projection development / cellular response to lipopolysaccharide / scaffold protein binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / molecular adaptor activity / cytoskeleton / protein domain specific binding / axon / focal adhesion / positive regulation of gene expression / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Intermediate filament head, DNA-binding domain / : / Intermediate filament head (DNA binding) region / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 ...Intermediate filament head, DNA-binding domain / : / Intermediate filament head (DNA binding) region / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Vimentin
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Strelkov, S.V. / Herrmann, H. / Geisler, N. / Zimbelmann, R. / Aebi, U. / Burkhard, P.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2002
タイトル: Conserved Segments 1A and 2B of the Intermediate Filament Dimer: Their Atomic Structures and Role in Filament Assembly.
著者: Strelkov, S. / Herrmann, H. / Geisler, N. / Wedig, T. / Zimbelmann, R. / Aebi, U. / Burkhard, P.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Divide-and-Conquer Crystallographic Approach Towards an Atomic Structure of Intermediate Filaments
著者: Strelkov, S.V. / Herrmann, H. / Geisler, N. / Lustig, A. / Ivaninskii, S. / Zimbelmann, R. / Burkhard, P. / Aebi, U.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The Intermediate Filament Protein Consensus Motif of Helix 2B: Its Atomic Structure and Contribution to Assembly
著者: Herrmann, H. / Strelkov, S.V. / Feja, B. / Rogers, K.R. / Brettel, M. / Lustig, A. / Haner, M. / Parry, D.A.D. / Steinert, P.M. / Burkhard, P. / Aebi, U.
履歴
登録2001年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VIMENTIN
B: VIMENTIN
C: VIMENTIN
D: VIMENTIN
E: VIMENTIN
F: VIMENTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5807
ポリマ－59,5216
非ポリマー591
水8,179454
1
A: VIMENTIN
B: VIMENTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8993
ポリマ－19,8402
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: VIMENTIN
D: VIMENTIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8402
ポリマ－19,8402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
E: VIMENTIN
F: VIMENTIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8402
ポリマ－19,8402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.594, 84.283, 240.785
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2053-

HOH

21A-2054-

HOH

31A-2059-

HOH

41C-2067-

HOH

51D-2076-

HOH

61E-2060-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
VIMENTIN


分子量: 9920.125 Da / 分子数: 6 / 断片: CYS2, RESIDUES 328-411 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET-21D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P08670
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE RESIDUE NUMBERING USED IN THE LITERATURE FOR VIMENTIN DIFFERS BY +1 FROM THE NUMBERING USED IN ...THE RESIDUE NUMBERING USED IN THE LITERATURE FOR VIMENTIN DIFFERS BY +1 FROM THE NUMBERING USED IN SWISSPROT ENTRY P08670

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.17M NA ACETATE, 25.5% PEG8000, 0.1M CACODYLATE, PH6.5, pH 6.50
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Strelkov, S.V., (2001) J.Mol.Biol., 306, 773
溶液の組成
*PLUS
濃度: 10-15 mg/ml / 一般名: protein

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.9
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年9月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→35 Å / Num. obs: 34937 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 42.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.33 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
最低解像度: 35 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 % / Num. unique obs: 1159

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3→34.52 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1095 3.1 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.242 34937 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.2273 Å2 / ksol: 0.328614 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.63 Å20 Å20 Å2
2--15.06 Å20 Å2
3----21.69 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→34.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3711 0 4 454 4169
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d16.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.043 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 53 3.1 %
Rwork0.349 1663 -
obs--99.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg16.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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