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万見
- PDB-1gaf: 48G7 HYBRIDOMA LINE FAB COMPLEXED WITH HAPTEN 5-(PARA-NITROPHENYL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gaf
タイトル48G7 HYBRIDOMA LINE FAB COMPLEXED WITH HAPTEN 5-(PARA-NITROPHENYL PHOSPHONATE)-PENTANOIC ACID
要素(CHIMERIC 48G7 FAB) x 2
キーワードCATALYTIC ANTIBODY / ESTER HYDROLYSIS / ESTEROLYTIC / FAB
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity ...IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-(PARA-NITROPHENYL PHOSPHONATE)-PENTANOIC ACID / : / Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin heavy constant gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Wedemayer, G.J. / Patten, P.A. / Stevens, R.C. / Schultz, P.G.
引用
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: A Genetic Approach to the Generation of Antibodies with Enhanced Catalytic Activities
著者: Lesley, S.A. / Patten, P.A. / Schultz, P.G.
履歴
登録1996年2月6日処理サイト: BNL
改定 1.01996年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: CHIMERIC 48G7 FAB
H: CHIMERIC 48G7 FAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9963
ポリマ－46,6942
非ポリマー3021
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.260, 44.850, 85.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 CHIMERIC 48G7 FAB


分子量: 23485.045 Da / 分子数: 1
断片: VARIABLE DOMAINS OF LIGHT AND HEAVY CHAINS AND CONSTANT DOMAINS OF LIGHT AND HEAVY CHAINS
由来タイプ: 組換発現
詳細: BOTH FAB CHAINS ARE DERIVED FROM THE MATURE (HYBRIDOMA LINE) ANTIBODY. THE LIGHT CHAIN CONSISTS OF THE VJ VARIABLE DOMAIN FROM MOUSE AND THE C(KAPPA) CONSTANT REGION FROM HUMAN. THE HEAVY ...詳細: BOTH FAB CHAINS ARE DERIVED FROM THE MATURE (HYBRIDOMA LINE) ANTIBODY. THE LIGHT CHAIN CONSISTS OF THE VJ VARIABLE DOMAIN FROM MOUSE AND THE C(KAPPA) CONSTANT REGION FROM HUMAN. THE HEAVY CHAIN CONSISTS OF THE VDJ VARIABLE DOMAIN FROM MOUSE AND THE C(H1) CONSTANT REGION FROM HUMAN
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: EACH CHAIN IS A FUSION POLYPEPTIDE WHICH IS PART HUMAN AND PART MOUSE
細胞株: 48G7 / 断片: CONSTANT DOMAINS OF LIGHT AND HEAVY CHAINS / プラスミド: PSAL143 / 発現宿主: BL21 / 参照: GenBank: 4768677, UniProt: P01834*PLUS
#2: 抗体 CHIMERIC 48G7 FAB


分子量: 23209.020 Da / 分子数: 1
断片: VARIABLE DOMAINS OF LIGHT AND HEAVY CHAINS AND CONSTANT DOMAINS OF LIGHT AND HEAVY CHAINS
由来タイプ: 組換発現
詳細: BOTH FAB CHAINS ARE DERIVED FROM THE MATURE (HYBRIDOMA LINE) ANTIBODY. THE LIGHT CHAIN CONSISTS OF THE VJ VARIABLE DOMAIN FROM MOUSE AND THE C(KAPPA) CONSTANT REGION FROM HUMAN. THE HEAVY ...詳細: BOTH FAB CHAINS ARE DERIVED FROM THE MATURE (HYBRIDOMA LINE) ANTIBODY. THE LIGHT CHAIN CONSISTS OF THE VJ VARIABLE DOMAIN FROM MOUSE AND THE C(KAPPA) CONSTANT REGION FROM HUMAN. THE HEAVY CHAIN CONSISTS OF THE VDJ VARIABLE DOMAIN FROM MOUSE AND THE C(H1) CONSTANT REGION FROM HUMAN
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: EACH CHAIN IS A FUSION POLYPEPTIDE WHICH IS PART HUMAN AND PART MOUSE
細胞株: 48G7 / 断片: CONSTANT DOMAINS OF LIGHT AND HEAVY CHAINS / プラスミド: PSAL143 / 発現宿主: BL21 / 参照: UniProt: P01857
#3: 化合物 ChemComp-NPE / 5-(PARA-NITROPHENYL PHOSPHONATE)-PENTANOIC ACID


分子量: 302.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13NO7P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 %
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/ml48G7 Fab11
21 mMhapten11
3100 mMsodium acetate11
4100 mMsodium cacodylate11
527 %PEG330011

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年6月6日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 33282 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.072
反射
*PLUS
Num. measured all: 121262

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.95→20 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rfree0.307 -
Rwork0.244 -
obs0.244 33282
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3282 0 20 151 3453
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.613
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.3076
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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