PDB-1fxh: MUTANT OF PENICILLIN ACYLASE IMPAIRED IN CATALYSIS WITH PHENYLACE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1fxh

タイトル

MUTANT OF PENICILLIN ACYLASE IMPAIRED IN CATALYSIS WITH PHENYLACETIC ACID IN THE ACTIVE SITE

要素

(PENICILLIN ACYLASE) x 2

キーワード

HYDROLASE / Ntn-hydrolase fold

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin amidase activity / penicillin amidase / antibiotic biosynthetic process / periplasmic space / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Alkema, W.B. / Hensgens, C.M. / Kroezinga, E.H. / de Vries, E. / Floris, R. / van der Laan, J.M. / Dijkstra, B.W. / Janssen, D.B.

引用

ジャーナル: Protein Eng. / 年: 2000
タイトル: Characterization of the beta-lactam binding site of penicillin acylase of Escherichia coli by structural and site-directed mutagenesis studies.
著者: Alkema, W.B. / Hensgens, C.M. / Kroezinga, E.H. / de Vries, E. / Floris, R. / van der Laan, J.M. / Dijkstra, B.W. / Janssen, D.B.

履歴

登録	2000年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月3日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1fxh.cif.gz	178.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1fxh.ent.gz	137 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1fxh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/1fxh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/1fxh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fxvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1kec-d 1pnk-d 1ajq-d 1fxv-d 1ai6-d 1gkf-d 5fir-5 1h2g-d 1k7d-d 1gk9-d 4pel-2 1ajn-d 1k5q-d 1pnm-d 4pel-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PENICILLIN ACYLASE

B: PENICILLIN ACYLASE

ヘテロ分子

86.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.014, 64.084, 64.225
Angle α, β, γ (deg.)	72.92, 73.91, 73.54
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

詳細

The biological assembly is a hetero dimer.

#1: タンパク質	PENICILLIN ACYLASE 分子量: 23838.824 Da / 分子数: 1 / 断片: ALPHA SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PEC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06875, penicillin amidase
#2: タンパク質	PENICILLIN ACYLASE 分子量: 62400.496 Da / 分子数: 1 / 断片: BETA SUBUNIT / Mutation: N241A, V148L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PEC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06875, penicillin amidase
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-PAC / 2-PHENYLACETIC ACID / フェニル酢酸分子量: 136.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 653 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.59 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: PEG MME 2000, MOPS, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃
詳細: drop consists of equal amounts of protein and precipitant solutions

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	8 mg/ml	enzyme	1	drop
2	12-15 %	mPEG2000	1	reservoir	precipitant
3	50 mM	MOPS	1	reservoir	precipitant

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.04
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→20 Å / Num. all: 51862 / Num. obs: 50404 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / B_iso Wilson estimate: 5.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.97→2 Å / R_merge(I) obs: 0.124 / Num. unique all: 0 / % possible all: 95
反射シェル	PLUS % possible obs*: 95 %

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
AMoRE	位相決定
CNS	精密化

精密化

解像度: 1.97→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: USED MAXIMUM LIKELYHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.215	2567	-	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.181	50128	5.1 %	-
all	-	51862	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6069	0	11	653	6733

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	0.9
X-RAY DIFFRACTION	c_torsion_deg	22.9
X-RAY DIFFRACTION	c_torsion_impr_deg	0.72

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / 分類: refinement

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.72

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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