+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fve | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | X-RAY STRUCTURES OF THE ANTIGEN-BINDING DOMAINS FROM THREE VARIANTS OF HUMANIZED ANTI-P185-HER2 ANTIBODY 4D5 AND COMPARISON WITH MOLECULAR MODELING | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | IMMUNOGLOBULIN | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Eigenbrot, C. / Randal, M. / Presta, L. / Kossiakoff, A.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: X-ray structures of the antigen-binding domains from three variants of humanized anti-p185HER2 antibody 4D5 and comparison with molecular modeling. 著者: Eigenbrot, C. / Randal, M. / Presta, L. / Carter, P. / Kossiakoff, A.A. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992 タイトル: Humanization of an Anti-P185-Her2 Antibody for Human Cancer Therapy 著者: Carter, P. / Presta, L. / Gorman, C.M. / Ridgway, J.B. / Henner, D. / Wong, W.L.T. / Rowland, A.M. / Kotts, C. / Carver, M.E. / Shepard, H.M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fve.cif.gz | 174.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1fve.ent.gz | 139.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fve.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1fve_validation.pdf.gz | 453.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1fve_full_validation.pdf.gz | 492.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1fve_validation.xml.gz | 38.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1fve_validation.cif.gz | 51.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/1fve ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/1fve | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Atom site foot note | 1: RESIDUES 8, 95, 141 OF CHAINS A AND C AND RESIDUES 154 AND 156 OF CHAINS B AND D ARE CIS PROLINES. 2: 127 ATOMS OF THE FINAL MODEL WERE ASSIGNED AN OCCUPANCY OF ZERO. | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-1, 0.0085, 0.0095), ベクター: 詳細 | THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAINS *A* AND *B* WHEN APPLIED TO CHAINS *C* AND *D*. | |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23431.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: EMBL: X95750 #2: 抗体 | 分子量: 23744.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: EMBL: Y14735 #3: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | 配列の詳細 | THE RESIDUE NUMBERING IS SEQUENTIAL WITHIN EACH CHAIN. THE SEQUENTIAL NUMBERING OF THE LIGHT CHAIN ...THE RESIDUE NUMBERING IS SEQUENTIAL | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.68 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
---|---|
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. obs: 27387 / Observed criterion σ(I): 0 / Num. measured all: 39775 / Rmerge(I) obs: 0.084 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.7→10 Å / Rfactor Rwork: 0.171 / Rfactor obs: 0.171 / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 19157 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.171 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 15.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|