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万見
- PDB-1frg: CRYSTAL STRUCTURE, SEQUENCE, AND EPITOPE MAPPING OF A PEPTIDE COM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1frg
タイトルCRYSTAL STRUCTURE, SEQUENCE, AND EPITOPE MAPPING OF A PEPTIDE COMPLEX OF AN ANTI-INFLUENZA HA PEPTIDE ANTIBODY FAB 26(SLASH)9: FINE-TUNING ANTIBODY SPECIFICITY
要素
  • IGG2A 26/9 FAB (HEAVY CHAIN)
  • IGG2A 26/9 FAB (LIGHT CHAIN)
  • INFLUENZA HEMAGGLUTININ HA1 (STRAIN X47) (RESIDUES 101 - 108)
キーワードViral protein/Immune system / IMMUNOGLOBULIN/VIRUS HEMAGGLUTININ / Viral protein-Immune system COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell differentiation / antibacterial humoral response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell differentiation / antibacterial humoral response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Viral capsid/haemagglutinin protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Viral capsid/haemagglutinin protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Hemagglutinin / Immunoglobulin kappa constant / Ig gamma-2A chain C region secreted form
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Churchill, M.E.A. / Wilson, I.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of a peptide complex of anti-influenza peptide antibody Fab 26/9. Comparison of two different antibodies bound to the same peptide antigen.
著者: Churchill, M.E. / Stura, E.A. / Pinilla, C. / Appel, J.R. / Houghten, R.A. / Kono, D.H. / Balderas, R.S. / Fieser, G.G. / Schulze-Gahmen, U. / Wilson, I.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Detailed Analysis of the Free and Bound Conformations of an Antibody: X-Ray Structures of Fab 17(Slash)9 and Three Different Fab-Peptide Complexes
著者: Schulze-Gahmen, U. / Rini, J.M. / Wilson, I.A.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1992
タイトル: Structural Evidence for Induced Fit as a Mechanism for Antibody-Antigen Recognition
著者: Rini, J.M. / Schulze-Gahmen, U. / Wilson, I.A.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Preliminary Crystallographic Data, Primary Sequence, and Binding Data for the Anti-Peptide Fab and its Complex with a Synthetic Peptide from Influenza Hemagglutinin
著者: Schulze-Gahmen, U. / Rini, J.M. / Arevalo, J. / Stura, E.A. / Kenten, J.H. / Wilson, I.A.
履歴
登録1994年1月17日処理サイト: BNL
改定 1.01994年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年9月18日Group: Source and taxonomy
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IGG2A 26/9 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG2A 26/9 FAB (HEAVY CHAIN)
P: INFLUENZA HEMAGGLUTININ HA1 (STRAIN X47) (RESIDUES 101 - 108)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6883
ポリマ－48,6883
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5090 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.600, 115.100, 73.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO L 8 / 2: CIS PROLINE - PRO L 101 / 3: CIS PROLINE - PRO L 147 / 4: CIS PROLINE - PRO H 371 / 5: CIS PROLINE - PRO H 373 / 6: CIS PROLINE - PRO H 413

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要素

#1: 抗体 IGG2A 26/9 FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 24028.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: PIR: A31790, UniProt: P01837*PLUS
#2: 抗体 IGG2A 26/9 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 23756.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 533229, UniProt: P01864*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド INFLUENZA HEMAGGLUTININ HA1 (STRAIN X47) (RESIDUES 101 - 108)


分子量: 902.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: E3W6A8*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細ONE BOUND WATER IS INCLUDED IN THE PEPTIDE BINDING SITE OF THE FAB.
配列の詳細THE LIGHT CHAIN IS NUMBERED AS CHAIN L 1 - 217. THE HEAVY CHAIN IS NUMBERED AS CHAIN H 218 - 437. ...THE LIGHT CHAIN IS NUMBERED AS CHAIN L 1 - 217. THE HEAVY CHAIN IS NUMBERED AS CHAIN H 218 - 437. THE PEPTIDE IS NUMBERED AS CHAIN P 1 - 9.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.35 %
結晶化
*PLUS
温度: 22.5 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / PH range low: 9 / PH range high: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15-10 mg/mlFab1drop
217 %(w/v)PEG100001reservoir
30.2 Mimidazole malate1reservoir
40.8 mg/mlpeptide1drop

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 15290 / % possible obs: 87 % / Num. measured all: 45397 / Rmerge(I) obs: 0.1
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 2.8 Å / % possible obs: 43 % / Num. unique obs: 1237 / Num. measured obs: 2555 / Rmerge(I) obs: 0.48

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.8→8 Å / Rfactor Rwork: 0.19 / Rfactor obs: 0.19
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3426 0 0 1 3427
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.48
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d3.48
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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