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- PDB-1fhf: THE STRUCTURE OF SOYBEAN PEROXIDASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fhf
タイトルTHE STRUCTURE OF SOYBEAN PEROXIDASE
要素SEED COAT PEROXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase / lactoperoxidase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Plant peroxidase / Secretory peroxidase / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase ...Plant peroxidase / Secretory peroxidase / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Glycine max (ダイズ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Henriksen, A. / Mirza, O. / Indiana, C. / Welinder, K. / Teilum, K. / Gajhede, M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2001
タイトル: Structure of soybean seed coat peroxidase: a plant peroxidase with unusual stability and haem-apoprotein interactions.
著者: Henriksen, A. / Mirza, O. / Indiani, C. / Teilum, K. / Smulevich, G. / Welinder, K.G. / Gajhede, M.
履歴
登録2000年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: diffrn_source / exptl_crystal_grow
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SEED COAT PEROXIDASE
B: SEED COAT PEROXIDASE
C: SEED COAT PEROXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,23718
ポリマ－99,4143
非ポリマー2,82315
水21612
1
A: SEED COAT PEROXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0796
ポリマ－33,1381
非ポリマー9415
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SEED COAT PEROXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0796
ポリマ－33,1381
非ポリマー9415
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: SEED COAT PEROXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0796
ポリマ－33,1381
非ポリマー9415
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.454, 106.454, 104.996
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質 SEED COAT PEROXIDASE


分子量: 33137.961 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O22443, peroxidase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M tris hcl, 0.6M ammoniumdihydrogenphosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMTris-HCl1drop
21.9 mg/mlprotein1drop
30.2-0.6 M1reservoirNH4H2PO4
40.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.996
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→11 Å / Num. all: 31053 / Num. obs: 26929 / % possible obs: 88.2 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 44.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.289 / Num. unique all: 1075 / % possible all: 69.3
反射
*PLUS
最低解像度: 11 Å / Num. measured all: 175095
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 69.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.5精密化
精密化解像度: 2.8→11 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 356711.51 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 1295 4.9 %RANDOM
Rwork0.271 ---
obs0.271 26625 87.2 %-
all-26625 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.7737 Å2 / ksol: 0.412803 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.81 Å27.05 Å20 Å2
2--3.81 Å20 Å2
3----7.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.45 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.69 Å0.62 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6987 0 183 12 7182
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.111
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.021.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.462
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.182.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: STRICT
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 133 5.3 %
Rwork0.376 2365 -
obs--46.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3SOYBEAN_PARAM_cns.hemeWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5TRIS_CNS.PARTRIS_CNS.PAR
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.9 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 18.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.111
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.387 / % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor Rwork: 0.376

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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