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- PDB-5doz: Crystal structure of JamJ enoyl reductase (NADPH bound) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5doz
タイトルCrystal structure of JamJ enoyl reductase (NADPH bound)
要素JamJ
キーワードOXIDOREDUCTASE / Enoyl reductase / Polyketide synthase / NADPH / cyclopropane
機能・相同性
機能・相同性情報


(3S)-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase, Helix-turn-helix domain / : / Beta-ketoacyl synthase-like, N-terminal / CurL-like, PKS C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / : ...Methyltransferase, Helix-turn-helix domain / : / Beta-ketoacyl synthase-like, N-terminal / CurL-like, PKS C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / PKS_PP_betabranch / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-NDP / JamJ
類似検索 - 構成要素
生物種Lyngbya majuscula (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Khare, D. / Smith, J.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK-042303 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Cyclopropanation by a Unique Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase.
著者: Khare, D. / Hale, W.A. / Tripathi, A. / Gu, L. / Sherman, D.H. / Gerwick, W.H. / Hakansson, K. / Smith, J.L.
履歴
登録2015年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: JamJ
B: JamJ
C: JamJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,0367
ポリマ－113,7403
非ポリマー2,2954
水6,503361
1
A: JamJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7183
ポリマ－37,9131
非ポリマー8042
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: JamJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6592
ポリマ－37,9131
非ポリマー7451
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: JamJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6592
ポリマ－37,9131
非ポリマー7451
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.702, 110.702, 92.826
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 JamJ


分子量: 37913.445 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 260-594 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lyngbya majuscula (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6E7K0
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
由来についての詳細As per the authors the source organism is Moorea producens 3L. Moorea producens 3L was formerly ...As per the authors the source organism is Moorea producens 3L. Moorea producens 3L was formerly known as Lyngbya majuscula

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 0.25 M sodium acetate, 100 mM Bis Tris propane pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.5
11-h,-k,l20.5
反射解像度: 2.25→45.6 Å / Num. obs: 59866 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル最高解像度: 2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.609 / Mean I/σ(I) obs: 1.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DOV

5dov


解像度: 2.26→42.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 5.801 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21718 3015 5.1 %RANDOM
Rwork0.18045 ---
obs0.18234 56585 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.113 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.49 Å20 Å20 Å2
2--7.49 Å20 Å2
3----14.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→42.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7905 0 148 361 8414
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0198238
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0341.96611193
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9915993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.79224.72375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.271151407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7611536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6913.1373982
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2274.7034971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5643.2254256
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.47426.16212631
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.256→2.314 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 204 -
Rwork0.246 4128 -
obs--98.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.92960.22060.92711.17560.46652.1042-0.0042-0.26390.1162-0.0993-0.04170.0696-0.0984-0.22370.04590.05670.01610.01430.1383-0.03590.15220.143258.33032.231
20.27320.30660.25740.39240.28960.38990.05350.0216-0.049-0.0070.0033-0.03880.01670.0278-0.05670.1212-0.0014-0.0080.11470.00020.180114.075851.552-7.2657
30.98680.4120.31350.6099-0.25540.95740.0317-0.03150.01030.03020.0593-0.0522-0.1510.1603-0.0910.0545-0.06960.01940.1461-0.01240.191131.211166.35230.7178
40.85180.40110.18590.72720.28430.6083-0.0008-0.0035-0.0304-0.0435-0.00480.01320.01020.05950.00570.0940.00010.00510.07220.0060.147117.055555.848-3.0386
51.1794-0.1758-0.40541.14411.59142.28650.1277-0.00710.04250.1401-0.16660.06480.1774-0.15810.03890.0947-0.02670.02070.1233-0.00280.15726.4509-3.10816.1888
60.0243-0.1111-0.05141.15130.11170.63190.01080.030.0119-0.02050.0188-0.0429-0.0010.0672-0.02950.08860.0044-0.01030.13260.00580.174418.598.09078.0355
70.1778-0.07580.39591.18660.23291.384-0.0132-0.02550.0385-0.03630.0478-0.0566-0.2667-0.0576-0.03460.1605-0.00120.00880.02960.03590.17913.735828.289616.2588
80.3376-0.2834-0.08021.46420.33590.53070.02710.02850.0046-0.0225-0.0145-0.0189-0.03230.0592-0.01270.06430.007-0.00190.09710.01250.144915.25210.953212.3607
91.44330.23191.15333.231-4.40297.56570.19530.3143-0.0972-0.0771-0.1026-0.06630.29990.4963-0.09270.08810.11450.04780.195-0.0160.170956.365921.676542.5612
100.6428-0.39880.55120.757-1.00431.60190.1585-0.07080.04640.0005-0.1210.05160.08660.053-0.03750.1388-0.0456-0.01160.1166-0.0640.105439.066726.651149.4948
111.845-0.81561.22252.0124-0.8962.1548-0.1127-0.44860.33130.1813-0.0230.0026-0.3034-0.33450.13580.0918-0.00020.03380.1567-0.11550.10229.628138.658749.5629
123.39821.9608-1.1141.183-0.64190.3652-0.06820.2053-0.0067-0.20480.05870.05020.0216-0.06850.00950.50840.2026-0.16930.0971-0.06970.056641.112723.605534.598
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 70
2X-RAY DIFFRACTION2A71 - 171
3X-RAY DIFFRACTION3A172 - 259
4X-RAY DIFFRACTION4A260 - 335
5X-RAY DIFFRACTION5B4 - 87
6X-RAY DIFFRACTION6B88 - 171
7X-RAY DIFFRACTION7B172 - 258
8X-RAY DIFFRACTION8B259 - 335
9X-RAY DIFFRACTION9C4 - 34
10X-RAY DIFFRACTION10C35 - 191
11X-RAY DIFFRACTION11C192 - 309
12X-RAY DIFFRACTION12C310 - 335

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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