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- PDB-1fgn: MONOCLONAL MURINE ANTIBODY 5G9-ANTI-HUMAN TISSUE FACTOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fgn
タイトルMONOCLONAL MURINE ANTIBODY 5G9-ANTI-HUMAN TISSUE FACTOR
要素(IMMUNOGLOBULIN FAB 5G9) x 2
キーワードIMMUNOGLOBULIN / ANTIBODY / FAB / ANTI-TF / MONOCLONAL / MURINE
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell differentiation / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Immunoglobulin kappa constant
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Huang, M. / Syed, R. / Stura, E.A. / Stone, M.J. / Stefanko, R.S. / Ruf, W. / Edgington, T.S. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: The mechanism of an inhibitory antibody on TF-initiated blood coagulation revealed by the crystal structures of human tissue factor, Fab 5G9 and TF.5G9 complex.
著者: Huang, M. / Syed, R. / Stura, E.A. / Stone, M.J. / Stefanko, R.S. / Ruf, W. / Edgington, T.S. / Wilson, I.A.
履歴
登録1997年4月10日処理サイト: BNL
改定 1.01998年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月4日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IMMUNOGLOBULIN FAB 5G9
H: IMMUNOGLOBULIN FAB 5G9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9862
ポリマ－46,9862
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.600, 93.700, 60.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 IMMUNOGLOBULIN FAB 5G9 / FAB / FAB LIGHT CHAIN / FAB HEAVY CHAIN


分子量: 23810.203 Da / 分子数: 1
断片: LIGHT CHAIN RESIDUES 1 - 214, HEAVY CHAIN RESIDUES 1 - 214
由来タイプ: 天然 / 詳細: A MONOCLONAL FAB AGAINST HUMAN TISSUE FACTOR / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: BLOOD / 組織: BLOOD / 参照: GenBank: 1613779, UniProt: P01837*PLUS
#2: 抗体 IMMUNOGLOBULIN FAB 5G9 / FAB / FAB LIGHT CHAIN / FAB HEAVY CHAIN


分子量: 23175.799 Da / 分子数: 1
断片: LIGHT CHAIN RESIDUES 1 - 214, HEAVY CHAIN RESIDUES 1 - 214
由来タイプ: 天然 / 詳細: A MONOCLONAL FAB AGAINST HUMAN TISSUE FACTOR / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: BLOOD / 組織: BLOOD / 参照: PIR: S49220
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化pH: 7
詳細: TWO SLIGHTLY DIFFERENT CRYSTAL FORMS OF FAB 5G9 WERE OBTAINED USING 17.5% PEG 10K AT PH 8.5 AND 1.35M SODIUM CITRATE AT PH 5.5 AS PRECIPITANTS. THE TWO CRYSTAL FORMS ARE BOTH ORTHORHOMBIC, ...詳細: TWO SLIGHTLY DIFFERENT CRYSTAL FORMS OF FAB 5G9 WERE OBTAINED USING 17.5% PEG 10K AT PH 8.5 AND 1.35M SODIUM CITRATE AT PH 5.5 AS PRECIPITANTS. THE TWO CRYSTAL FORMS ARE BOTH ORTHORHOMBIC, P212121, WITH TYPICAL SIZES OF 0.5 X 0.4 X 0.3 MM3 (CITRATE FORM) AND 0.6 X 0.35 X 0.2 MM3 (PEG FORM), WITH SLIGHTLY DIFFERENT CELL PARAMETERS OF A=89.1A, B=90.5A, C=59.3A (CITRATE) AND A=91.6A, B=93.7A, C=60.7A (PEG). PEG FORM IS USED FOR STRUCTURE DETERMINATION., pH 7.0
結晶化
*PLUS
pH: 8.5 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
117.5 %PEG1000011
216 mg/mlprotein11

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-18 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年3月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→37 Å / Num. obs: 19394 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.39→2.54 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.183 / % possible all: 58.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 86379 / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 58.5 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Mean I/σ(I) obs: 2.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XENGENデータ収集
XENGENデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XENGENデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FABS: HYHEL5-5 AND MCPC603

解像度: 2.5→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: A POSTERIORI / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.304 1643 9.9 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.217 16666 92.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 10.2 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3305 0 0 0 3305
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.67
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it4.281.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it6.912
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it6.832
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it10.322.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 169 9.9 %
Rwork0.304 1541 -
obs--73.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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