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万見
- PDB-1f4x: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ANTI-CARBOHYDRATE ANTIBODY DIRECTED AGAIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f4x
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN ANTI-CARBOHYDRATE ANTIBODY DIRECTED AGAINST VIBRIO CHOLERAE O1 IN COMPLEX WITH ANTIGEN
要素
  • ANTIBODY S-20-4, FAB FRAGMENT, HEAVY CHAIN
  • ANTIBODY S-20-4, FAB FRAGMENT, LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / anti-carbohydrate antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-MGS
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Alzari, P.M. / Souchon, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of an anti-carbohydrate antibody directed against Vibrio cholerae O1 in complex with antigen: molecular basis for serotype specificity.
著者: Villeneuve, S. / Souchon, H. / Riottot, M.M. / Mazie, J.C. / Lei, P. / Glaudemans, C.P. / Kovac, P. / Fournier, J.M. / Alzari, P.M.
履歴
登録2000年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年10月26日Group: Non-polymer description
改定 1.42018年2月7日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: ANTIBODY S-20-4, FAB FRAGMENT, LIGHT CHAIN
H: ANTIBODY S-20-4, FAB FRAGMENT, HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0803
ポリマ－45,7872
非ポリマー2931
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.570, 113.090, 46.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 ANTIBODY S-20-4, FAB FRAGMENT, LIGHT CHAIN


分子量: 22512.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Secretion: ASCITES
#2: 抗体 ANTIBODY S-20-4, FAB FRAGMENT, HEAVY CHAIN


分子量: 23274.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Secretion: ASCITES
#3: 糖 ChemComp-MGS / methyl 4,6-dideoxy-4-{[(2R)-2,4-dihydroxybutanoyl]amino}-2-O-methyl-alpha-D-mannopyranoside / 1,2-O-DIMETHYL-4-[2,4-DIHYDROXY-BUTYRAMIDO]-4,6-DIDEOXY-ALPHA-D-MANNOPYRANOSIDE / methyl 4,6-dideoxy-4-{[(2R)-2,4-dihydroxybutanoyl]amino}-2-O-methyl-alpha-D-mannoside / methyl 4,6-dideoxy-4-{[(2R)-2,4-dihydroxybutanoyl]amino}-2-O-methyl-D-mannoside / methyl 4,6-dideoxy-4-{[(2R)-2,4-dihydroxybutanoyl]amino}-2-O-methyl-mannoside / メチル2-O-メチル-4-[[(2R)-2,4-ジヒドロキシブチリル]アミノ]-4,6-ジデオキシ-α-D-マンノピラ(以下略)


タイプ: D-saccharide / 分子量: 293.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H23NO7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE ATOMIC COORDINATES IN THIS ENTRY FOLLOW A CORRELATIVE NUMBERING SCHEME. INSTEAD, KABAT ...THE ATOMIC COORDINATES IN THIS ENTRY FOLLOW A CORRELATIVE NUMBERING SCHEME. INSTEAD, KABAT NUMBERING SCHEME OF ANTIBODIES IS USED THROUGHOUT THE PNAS MANUSCRIPT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.89 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 6000, sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
315-18 %PEG60001reservoir
450 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月10日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 19770 / Num. obs: 19770 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 36.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / % possible all: 88.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 58457
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: STRUCTURE OF THE UNLIGANDED FAB FRAGMENT

解像度: 2.3→10 Å / SU B: 7.75 / SU ML: 0.183 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.333 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 995 5 %random
Rwork0.185 ---
all-19506 --
obs-19506 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3154 0 20 57 3231
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0460.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0450.05
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.305 / Rfactor Rwork: 0.224

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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