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- PDB-1f4m: P3(2) CRYSTAL STRUCTURE OF ALA2ILE2-6, A VERSION OF ROP WITH A RE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f4m
タイトルP3(2) CRYSTAL STRUCTURE OF ALA2ILE2-6, A VERSION OF ROP WITH A REPACKED HYDROPHOBIC CORE AND A NEW FOLD.
要素ROP ALA2ILE2-6
キーワードTRANSCRIPTION / Rop / dimer / homodimer / helix-turn-helix / transcription regulation / hydrophobic core packing / thermodynamic stability
機能・相同性Helix Hairpins - #230 / Regulatory protein Rop / Rop-like superfamily / Rop protein / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Regulatory protein rop
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Willis, M.A. / Bishop, B. / Regan, L. / Brunger, A.T.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Dramatic structural and thermodynamic consequences of repacking a protein's hydrophobic core.
著者: Willis, M.A. / Bishop, B. / Regan, L. / Brunger, A.T.
履歴
登録2000年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ROP ALA2ILE2-6
B: ROP ALA2ILE2-6
C: ROP ALA2ILE2-6
D: ROP ALA2ILE2-6
E: ROP ALA2ILE2-6
F: ROP ALA2ILE2-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,56312
ポリマ－42,3236
非ポリマー2406
水2,000111
1
A: ROP ALA2ILE2-6
B: ROP ALA2ILE2-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1884
ポリマ－14,1082
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area5890 Å2
手法PISA
2
C: ROP ALA2ILE2-6
D: ROP ALA2ILE2-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1884
ポリマ－14,1082
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area6100 Å2
手法PISA
3
E: ROP ALA2ILE2-6
F: ROP ALA2ILE2-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1884
ポリマ－14,1082
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area5790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.092, 73.092, 65.921
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
詳細The biological assembly is a dimer of which there are three in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質
ROP ALA2ILE2-6 / REGULATORY PROTEIN ROP / ROM


分子量: 7053.767 Da / 分子数: 6 / 変異: M1G,A8I,T19A,L22I,L26A,Q34I,C38A,L41I,L48I,C52A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / Plasmid details: PMR101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03051
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MPD, calcium chloride, sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
118 mg/mlprotein1drop
218-22 %MPD1reservoir
350-100 mM1reservoirCaCl2
4100 mMsodium HEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54128
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54128 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45.66 Å / Num. all: 20062 / Num. obs: 20062 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.238 / Num. unique all: 909 / % possible all: 40
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 63.5 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.25→45.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2893541.94 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 3362 9.6 %RANDOM
Rwork0.233 ---
all-34854 --
obs-34854 93.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 69.39 Å2 / ksol: 0.449 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.33 Å26 Å20 Å2
2--7.33 Å20 Å2
3----14.67 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→45.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2618 0 6 111 2735
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d15.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.56
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.031.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.342
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.252
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.762.5
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 284 9.2 %
Rwork0.303 2816 -
obs--65.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.6 % / Rfactor obs: 0.233
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 39.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg15.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.56
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.348 / % reflection Rfree: 9.2 % / Rfactor Rwork: 0.303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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