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万見
- PDB-1f09: CRYSTAL STRUCTURE OF THE GREEN FLUORESCENT PROTEIN (GFP) VARIANT ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f09
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE GREEN FLUORESCENT PROTEIN (GFP) VARIANT YFP-H148Q WITH TWO BOUND IODIDES
要素GREEN FLUORESCENT PROTEIN
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / beta barrel / LUMINESCENCE / BIOLUMINESCENCE / PHOTOACTIVE PROTEIN / GREEN FLUORESCENT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Wachter, R.M. / Yarbrough, D. / Kallio, K. / Remington, S.J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystallographic and energetic analysis of binding of selected anions to the yellow variants of green fluorescent protein.
著者: Wachter, R.M. / Yarbrough, D. / Kallio, K. / Remington, S.J.
#1: ジャーナル: CURR.BIOL. / 年: 1999
タイトル: Sensitivity of the Yellow Variant of Green Fluorescent Protein to Halides and Nitrate
著者: Wachter, R.M. / Remington, S.J.
履歴
登録2000年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GREEN FLUORESCENT PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2053
ポリマ－26,9511
非ポリマー2542
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.197, 62.818, 68.667
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GREEN FLUORESCENT PROTEIN / GFP


分子量: 26951.408 Da / 分子数: 1 / 変異: S65G, V68L, S72A, Q80R, T203Y, H148Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
プラスミド: BL21DE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 1550, sodium acetate, magnesium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.9
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1drop
322 %(w/v)PEG15501reservoir
4100 mMsodium acetate1reservoir
590 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30.1 Å / Num. all: 35882 / Num. obs: 10849 / % possible obs: 85.6 % / 冗長度: 3.31 % / Biso Wilson estimate: 27.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.519 / Num. unique all: 990 / % possible all: 79.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 35882
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 79.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
TNT位相決定
精密化解像度: 2.14→30.1 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rwork0.204 --
all0.204 10831 -
obs0.204 10831 85.6 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→30.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1815 0 2 105 1922
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.83
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.204
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: t_angle_deg / Dev ideal: 2.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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