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- PDB-1f07: STRUCTURE OF COENZYME F420 DEPENDENT TETRAHYDROMETHANOPTERIN REDU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f07
タイトルSTRUCTURE OF COENZYME F420 DEPENDENT TETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE FROM METHANOBACTERIUM THERMOAUTOTROPHICUM
要素COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / (beta / alpha)8 barrel / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


5,10-methylenetetrahydromethanopterin reductase / coenzyme F420-dependent N5,N10-methenyltetrahydromethanopterin reductase activity / methanogenesis, from carbon dioxide / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / one-carbon metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
5,10-methylenetetrahydromethanopterin reductase / : / Luciferase-like domain / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5,10-methylenetetrahydromethanopterin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Shima, S. / Warkentin, E. / Grabarse, W. / Thauer, R.K. / Ermler, U.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure of coenzyme F(420) dependent methylenetetrahydromethanopterin reductase from two methanogenic archaea.
著者: Shima, S. / Warkentin, E. / Grabarse, W. / Sordel, M. / Wicke, M. / Thauer, R.K. / Ermler, U.
履歴
登録2000年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE
B: COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE
C: COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE
D: COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,45414
ポリマ－134,0734
非ポリマー1,38110
水9,098505
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE
B: COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7277
ポリマ－67,0372
非ポリマー6905
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area23880 Å2
手法PISA, PQS
3
C: COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE
D: COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7277
ポリマ－67,0372
非ポリマー6905
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area23920 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)162.800, 128.200, 109.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 131.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a homodimer, constructed from chains A and B, and from chains C and D

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要素

#1: タンパク質
COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE


分子量: 33518.324 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
参照: UniProt: Q50744
#2: 化合物
ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS


分子量: 209.263 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 505 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: MPD, Na(Ac), CaCl2, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 59 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
詳細: drop consists of equal amounts of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
130 %MPD1reservoir
20.1 M1reservoirNaAc
30.02 M1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.045
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.045 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 107409 / Num. obs: 107409 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2→2.02 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Num. unique all: 3705 / % possible all: 88
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1596043.54 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 5402 5 %RANDOM
Rwork0.208 ---
all0.209 107409 --
obs0.209 107409 95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.24 Å20 Å2-0.95 Å2
2---1.26 Å20 Å2
3----0.98 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9412 0 86 505 10003
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.061.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.142.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 805 4.9 %
Rwork0.275 15691 -
obs--87.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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