[日本語] English
万見
- PDB-2avn: CRYSTAL STRUCTURE OF A UBIQUINONE/MENAQUINONE BIOSYNTHESIS METHYL... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2avn
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A UBIQUINONE/MENAQUINONE BIOSYNTHESIS METHYLTRANSFERASE-RELATED PROTEIN (TM1389) FROM THERMOTOGA MARITIMA MSB8 AT 2.35 A RESOLUTION
要素ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase-related protein
キーワードTRANSFERASE / UBIQUINONE/MENAQUINONE BIOSYNTHESIS METHYLTRANSFERASE-RELATED PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase type 11 / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / S-ADENOSYL-L-HOMOSELENOCYSTEINE / Ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase-related protein (tm1389) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.35 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase-related protein
B: ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1395
ポリマ－61,1822
非ポリマー9583
水3,783210
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area21970 Å2
手法PISA
2
A: ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase-related protein
B: ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase-related protein
ヘテロ分子

A: ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase-related protein
B: ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,27910
ポリマ－122,3644
非ポリマー1,9156
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
Buried area7690 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area41270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.475, 130.475, 192.926
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-249-

PO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISARGARGAA0 - 24612 - 258
21HISHISARGARGBB0 - 24612 - 258
12SAISAISAISAIAD1300
22SAISAISAISAIBE2300

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase-related protein


分子量: 30590.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: tm1389 / プラスミド: HK100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1A9
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-SAI / S-ADENOSYL-L-HOMOSELENOCYSTEINE


分子量: 431.306 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5Se
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.9668.67
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop51.0M LiCl, 10.0% PEG-600, 0.1M Citrate, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K, pH 5.0
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop740.0% MPD, 0.1M HEPES, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K, pH 7.0

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-210.97915
シンクロトロンSSRL BL11-120.979318, 0.918370
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 325 mm CCD1CCD2005年7月4日
ADSC QUANTUM 3152CCD2005年6月14日flat mirror
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979151
20.9793181
30.918371
反射解像度: 2.35→29.8 Å / Num. obs: 40826 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rsym value: 0.183 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsRsym value
2.35-2.4195.35.60.9810.726010.981
2.41-2.4899.85.70.8660.829140.866
2.48-2.5599.85.70.7460.928280.746
2.55-2.6399.95.70.5751.227370.575
2.63-2.7199.95.70.4551.626880.455
2.71-2.8199.95.70.3951.825880.395
2.81-2.9110012.80.8850.725180.885
2.91-3.0310012.90.663124090.663
3.03-3.1710012.90.4991.323250.499
3.17-3.3210012.90.329222210.329
3.32-3.510012.80.234321360.234
3.5-3.7210012.80.1853.820260.185
3.72-3.9710012.70.1444.819070.144
3.97-4.2910012.60.112617810.112
4.29-4.710012.50.0966.816580.096
4.7-5.2510012.40.0946.915080.094
5.25-6.0710012.30.0996.913480.099
6.07-7.4310011.90.1055.511600.105
7.43-10.5110011.40.087.89290.08
10.51-29.8695.810.10.0668.75440.066

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.35→29.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 11.057 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. AN S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE COFACTOR WAS MODELED INTO DENSITY ON BOTH SUBUNITS IN THE ASYMMETRIC UNIT. AN ANOMALOUS DIFFERENCE DENSITY ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. AN S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE COFACTOR WAS MODELED INTO DENSITY ON BOTH SUBUNITS IN THE ASYMMETRIC UNIT. AN ANOMALOUS DIFFERENCE DENSITY PEAK WAS OBSERVED AT THE POSITION OF THE SULFUR ATOM OF THE CO-FACTOR. THEREFORE, THE COFACTOR WAS MODELED AS SE-ADENOSYLHOMOCYSTEINE. 3. A PHOSPHATE ANION FROM THE PURIFICATION BUFFER WAS MODELED NEAR SEVERAL ARGININE SIDECHAINS AT A SPECIAL POSITION BETWEEN SYMMETRY-RELATED SUBUNITS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 2048 5 %RANDOM
Rwork0.169 ---
all0.171 ---
obs-38735 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.977 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.91 Å20.96 Å20 Å2
2--1.91 Å20 Å2
3----2.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→29.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3991 0 57 210 4258
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224162
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023787
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4591.9725636
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.838761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4525500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.1323.469196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.28215720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0951530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02910
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.2771
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.23687
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.21987
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.22435
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2470.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2760.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2090.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.16532540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.52931010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.97253996
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3281877
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.3111636
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
13771MEDIUM POSITIONAL0.460.5
13771MEDIUM THERMAL0.852
240MEDIUM POSITIONAL0.080.5
240MEDIUM THERMAL1.072
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.413 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 149 -
Rwork0.243 2731 -
obs--97.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6732-0.78711.01622.7119-2.17934.43660.0761-0.0299-0.0748-0.0026-0.167-0.1122-0.21710.23590.0909-0.07360.0574-0.0606-0.1440.0765-0.088838.96226.4693.357
21.4124-0.43950.77530.8791-0.43263.04210.08-0.0140.0101-0.04430.0660.03560.0551-0.0034-0.146-0.12960.0512-0.0654-0.23210.0053-0.114523.87140.367-29.814
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: all

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA0 - 24612 - 258
21AD13001
32BB0 - 24612 - 258
42BE23001

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る