[English] 日本語
Yorodumi- PDB-2avn: CRYSTAL STRUCTURE OF A UBIQUINONE/MENAQUINONE BIOSYNTHESIS METHYL... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2avn | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | CRYSTAL STRUCTURE OF A UBIQUINONE/MENAQUINONE BIOSYNTHESIS METHYLTRANSFERASE-RELATED PROTEIN (TM1389) FROM THERMOTOGA MARITIMA MSB8 AT 2.35 A RESOLUTION | ||||||
Components | ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase-related protein | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / UBIQUINONE/MENAQUINONE BIOSYNTHESIS METHYLTRANSFERASE-RELATED PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2 | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Thermotoga maritima (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of Ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase-related protein (tm1389) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.35 A resolution Authors: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2avn.cif.gz | 116 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb2avn.ent.gz | 93.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2avn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/2avn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/2avn | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Similar structure data | |
---|---|
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Refine code: 4
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 30590.922 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermotoga maritima (bacteria) / Strain: MSB8 / Gene: tm1389 / Plasmid: HK100 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9X1A9 #2: Chemical | ChemComp-PO4 / | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
---|
-Sample preparation
Crystal |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Crystal grow |
|
-Data collection
Diffraction |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.35→29.8 Å / Num. obs: 40826 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rsym value: 0.183 / Net I/σ(I): 3.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1,2
|
-Phasing
Phasing | Method: MAD |
---|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.35→29.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 11.057 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.158 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. AN S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE COFACTOR WAS MODELED INTO DENSITY ON BOTH SUBUNITS IN THE ASYMMETRIC UNIT. AN ANOMALOUS DIFFERENCE DENSITY ...Details: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. AN S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE COFACTOR WAS MODELED INTO DENSITY ON BOTH SUBUNITS IN THE ASYMMETRIC UNIT. AN ANOMALOUS DIFFERENCE DENSITY PEAK WAS OBSERVED AT THE POSITION OF THE SULFUR ATOM OF THE CO-FACTOR. THEREFORE, THE COFACTOR WAS MODELED AS SE-ADENOSYLHOMOCYSTEINE. 3. A PHOSPHATE ANION FROM THE PURIFICATION BUFFER WAS MODELED NEAR SEVERAL ARGININE SIDECHAINS AT A SPECIAL POSITION BETWEEN SYMMETRY-RELATED SUBUNITS.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 44.977 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→29.8 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.35→2.413 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: all
|