PDB-6czx: Crystal structure of Arabidopsis thaliana phosphoserine aminotran...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6czx

タイトル

Crystal structure of Arabidopsis thaliana phosphoserine aminotransferase isoform 1 (AtPSAT1) in complex with PLP internal aldimine

要素

Phosphoserine aminotransferase 1, chloroplastic

キーワード

TRANSFERASE / serine biosynthesis / pyridoxal 5'-phosphate / PLP / transaminase / PSAT

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoserine transaminase / O-phospho-L-serine:2-oxoglutarate transaminase activity / L-serine biosynthetic process / chloroplast stroma / plastid / chloroplast / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Sekula, B. / Ruszkowski, M. / Dauter, Z.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2018
タイトル: Structural Analysis of Phosphoserine Aminotransferase (Isoform 1) FromArabidopsis thaliana- the Enzyme Involved in the Phosphorylated Pathway of Serine Biosynthesis.
著者: Sekula, B. / Ruszkowski, M. / Dauter, Z.

履歴

登録	2018年4月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6czx.cif.gz	597 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6czx.ent.gz	491.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6czx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/6czx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/6czx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6czyC 6czzC 4xk1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6czy-2 1kmk-1 2bhx-d 4azk-d 5u21-1 1jf9-1 1kmj-1 1ahy-d 1bjo-d 5yb0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoserine aminotransferase 1, chloroplastic

B: Phosphoserine aminotransferase 1, chloroplastic

C: Phosphoserine aminotransferase 1, chloroplastic

D: Phosphoserine aminotransferase 1, chloroplastic

ヘテロ分子

164 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoserine aminotransferase 1, chloroplastic

B: Phosphoserine aminotransferase 1, chloroplastic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
82 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Phosphoserine aminotransferase 1, chloroplastic

D: Phosphoserine aminotransferase 1, chloroplastic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
81.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.221, 105.929, 186.886
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Phosphoserine aminotransferase 1, chloroplastic / AtPSAT1 / Phosphohydroxythreonine aminotransferase 分子量: 40504.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 組織: Leaves / 遺伝子: PSAT1, At4g35630, F8D20.140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96255, phosphoserine transaminase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1875 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.19 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 17% PEG 3350 and 0.1 M Tris at pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月8日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→76.78 Å / Num. obs: 230909 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 13.33
反射シェル	解像度: 1.57→1.66 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.965 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique obs: 36591 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0218	精密化
XDS	May 1, 2016	データ削減
XDS	May 1, 2016	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XK1

4xk1

解像度: 1.57→76.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / SU B: 3.018 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.067 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17524	1155	0.5 %	RANDOM
R_work	0.15745	-	-	-
obs	0.15755	229752	99.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.943 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.31 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.57→76.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11346	0	97	1875	13318

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	11902
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	11084
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.541	1.975	16111
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.844	3	25906
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.366	5	1511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.193	25.295	525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.626	15	2126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.903	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	1757
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	13175
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2292
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.907	1.534	5871
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.906	1.534	5870
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.456	2.297	7352
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.457	2.297	7353
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.493	1.765	6031
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.493	1.766	6032
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.391	2.555	8730
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.992	20.522	14280
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.992	20.524	14281
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.57→1.611 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.324	83	-
R_work	0.277	16552	-
obs	-	-	97.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.167	-0.0676	0.079	0.1482	-0.1056	0.3053	0.0001	-0.0211	-0.0056	-0.01	0.0384	0.0131	0.0457	-0.0768	-0.0385	0.0136	-0.0207	-0.022	0.0704	0.026	0.052	21.806	42.037	23.168
2	0.0325	-0.1097	0.0012	0.4716	0.2135	0.6102	-0.0387	-0.0377	-0.0215	0.0869	0.1098	0.0321	-0.1169	-0.107	-0.0711	0.0645	0.0658	0.0354	0.0826	0.0218	0.0328	15.134	60.851	39.583
3	0.15	-0.012	-0.0137	0.0697	-0.0395	0.2776	-0.0042	0.005	0.0266	-0.0004	-0.0006	-0.0428	0.0221	-0.021	0.0048	0.0253	-0.0051	-0.003	0.0376	0.0107	0.0674	47.244	44.806	17.945
4	0.0399	-0.1736	0.009	0.8738	0.1212	0.4793	-0.0006	-0.0006	0.0323	0.0777	0.0285	-0.1055	0.1609	0.0183	-0.0279	0.0722	0.0081	-0.0276	0.005	0.0107	0.0838	59.278	23.948	26.936
5	0.3357	0.1186	0.1152	0.1005	0.0167	0.1766	-0.0106	0.0149	-0.0045	0.0064	0.0119	-0.0077	0.0315	0.0359	-0.0013	0.022	0.0037	-0.0149	0.055	-0.0035	0.0519	62.246	40.748	72.262
6	0.2504	0.1159	0.017	0.778	-0.1927	0.1619	-0.0858	0.1125	0.0593	-0.0505	0.0993	-0.0186	0.0034	0.0334	-0.0135	0.0297	-0.0331	-0.0166	0.0882	0.0378	0.0569	69.44	59.839	56.513
7	0.2452	0.0474	-0.0284	0.0331	0.022	0.2704	-0.0181	-0.029	0.0504	-0.0107	-0.0083	0.0425	0.0168	0.0166	0.0264	0.0283	0.0018	0.0013	0.0374	-0.0137	0.0661	36.803	43.762	77.551
8	0.1661	0.2384	-0.0178	1.0654	0.1323	0.0724	-0.0097	-0.0266	0.0015	-0.069	0.0007	0.1228	0.0221	0.0259	0.0089	0.0379	0.0085	-0.0171	0.0165	-0.0079	0.0846	23.851	23.86	67.41

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	69 - 325
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	326 - 430
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	70 - 325
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	326 - 430
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	70 - 325
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	326 - 430
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	70 - 325
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	326 - 430

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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