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万見
- PDB-1evs: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ONCOSTATIN M -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1evs
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ONCOSTATIN M
要素ONCOSTATIN M
キーワードCYTOKINE / 4-helix bundle / gp130 binding cytokine
機能・相同性
機能・相同性情報


oncostatin-M receptor binding / oncostatin-M-mediated signaling pathway / negative regulation of hormone secretion / positive regulation of acute inflammatory response / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of cell division ...oncostatin-M receptor binding / oncostatin-M-mediated signaling pathway / negative regulation of hormone secretion / positive regulation of acute inflammatory response / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of cell division / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / cytokine activity / growth factor activity / positive regulation of inflammatory response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / immune response / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Oncostatin-M / Leukemia inhibitory factor /oncostatin / Leukemia inhibitory factor /oncostatin, conserved site / LIF / OSM family / LIF / OSM family signature. / leukemia inhibitory factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Deller, M.C. / Hudson, K.R. / Ikemizu, S. / Bravo, J. / Jones, E.Y. / Heath, J.K.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure and functional dissection of the cytostatic cytokine oncostatin M.
著者: Deller, M.C. / Hudson, K.R. / Ikemizu, S. / Bravo, J. / Jones, E.Y. / Heath, J.K.
履歴
登録2000年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ONCOSTATIN M


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1431
ポリマ－21,1431
非ポリマー00
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.887, 53.285, 106.694
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ONCOSTATIN M


分子量: 21143.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-TERMINAL TRUNCATION / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P13725
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.99 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 35000, ammonium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 48 %
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
3150 mM1dropNaCl
430 %(w/v)PEG350001reservoir
50.25 Msodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9793
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 43901 / Num. obs: 10513 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.376 / % possible all: 98.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 43901
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS精密化
精密化解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 1082 -random
Rwork0.205 ---
all-10492 --
obs-9410 86.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1319 0 0 116 1435
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0147
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7997
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg1.0381
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor obs: 0.205
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.8882
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.0381
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.28 Å / Rfactor Rfree: 0.336 / Num. reflection Rfree: 92 / % reflection Rfree: 8.6 % / Num. reflection Rwork: 870 / Rfactor obs: 0.271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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