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- PDB-1est: THE ATOMIC STRUCTURE OF CRYSTALLINE PORCINE PANCREATIC ELASTASE A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1est
タイトルTHE ATOMIC STRUCTURE OF CRYSTALLINE PORCINE PANCREATIC ELASTASE AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION. COMPARISONS WITH THE STRUCTURE OF ALPHA-CHYMOTRYPSIN
要素PORCINE PANCREATIC ELASTASE
キーワードHYDROLASE / HYDROLASE (SERINE PROTEINASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PARA-TOLUENE SULFONATE / Chymotrypsin-like elastase family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sawyer, L. / Shotton, D.M. / Watson, H.C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978
タイトル: The atomic structure of crystalline porcine pancreatic elastase at 2.5 A resolution: comparisons with the structure of alpha-chymotrypsin.
著者: Sawyer, L. / Shotton, D.M. / Campbell, J.W. / Wendell, P.L. / Muirhead, H. / Watson, H.C. / Diamond, R. / Ladner, R.C.
#1: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1973
タイトル: Atomic Coordinates for Tosyl-Elastase
著者: Sawyer, L. / Shotton, D.M. / Watson, H.C.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1970
タイトル: Amino-Acid Sequence of Porcine Pancreatic Elastase and its Homologies with Other Serine Proteinases
著者: Shotton, D.M. / Hartley, B.S.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1970
タイトル: Three-Dimensional Fourier Synthesis of Tosyl-Elastase at 3.5 Angstroms Resolution
著者: Watson, H.C. / Shotton, D.M. / Cox, J.M. / Muirhead, H.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1970
タイトル: Three Dimensional Structure of Tosyl-Elastase
著者: Shotton, D.M. / Watson, H.C.
#5: ジャーナル: Atlas of Macromolecular Structure on Microfiche
年: 1976
#6: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure,Supplement 2
年: 1976
履歴
登録1976年5月17日処理サイト: BNL
改定 1.01976年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年8月24日Group: Non-polymer description
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700SHEET THE TWO SEVEN STRANDED SHEETS IN THIS STRUCTURE ARE REALLY SIX STRANDED BETA BARRELS - THIS ...SHEET THE TWO SEVEN STRANDED SHEETS IN THIS STRUCTURE ARE REALLY SIX STRANDED BETA BARRELS - THIS IS DENOTED BY THE FIRST STRAND RECURRING AS THE LAST STRAND.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PORCINE PANCREATIC ELASTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1963
ポリマ－25,9281
非ポリマー2682
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.500, 58.000, 75.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: RESIDUE SER 195 (THE CATALYTICALLY ACTIVE SERINE ) HAS BEEN TOSYLATED IN THIS STRUCTURE. COORDINATES FOR THE TOSYL GROUP ARE GIVEN IN THE HETATM RECORDS BELOW.

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要素

#1: タンパク質 PORCINE PANCREATIC ELASTASE


分子量: 25928.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-TSU / PARA-TOLUENE SULFONATE / p-トルエンスルホン酸


分子量: 172.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8O3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.42 %
結晶化
*PLUS
温度: 2 ℃ / pH: 5 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11 Msodium sulfate11
220 mg/mlprotein11
310 mMsodium acetate11

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

精密化最高解像度: 2.5 Å
詳細: COORDINATES FOR THE 27 WATER MOLECULES AND 1 SULPHATE ION WERE TAKEN FROM THE ARTICLE CITED AS REFERENCE 1.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1822 0 11 25 1858

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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