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- PDB-1dw9: Structure of cyanase reveals that a novel dimeric and decameric a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dw9
タイトルStructure of cyanase reveals that a novel dimeric and decameric arrangement of subunits is required for formation of the enzyme active site
要素CYANATE LYASE
キーワードLYASE / CYANATE DEGRADATION / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


cyanate catabolic process / cyanase / cyanate hydratase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Cyanate Lyase; Chain: A, domain 2 / Cyanate lyase, C-terminal domain / : / Cyanate hydratase, N-terminal / Cyanate lyase, C-terminal / Cyanate hydratase / Cyanate lyase, C-terminal domain superfamily / Cyanate lyase C-terminal domain / Cyanate lyase C-terminal domain, Cyanate hydratase / lambda repressor-like DNA-binding domains ...Cyanate Lyase; Chain: A, domain 2 / Cyanate lyase, C-terminal domain / : / Cyanate hydratase, N-terminal / Cyanate lyase, C-terminal / Cyanate hydratase / Cyanate lyase, C-terminal domain superfamily / Cyanate lyase C-terminal domain / Cyanate lyase C-terminal domain, Cyanate hydratase / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Walsh, M.A. / Otwinowski, Z. / Perrakis, A. / Anderson, P.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: Structure of Cyanase Reveals that a Novel Dimeric and Decameric Arrangement of Subunits is Required for Formation of the Enzyme Active Site
著者: Walsh, M.A. / Otwinowski, Z. / Perrakis, A. / Anderson, P.M. / Joachimiak, A.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1987
タイトル: Characterization of High-Level Expression and Sequencing of the Escherichia Coli K-12 Cyns Gene Encoding Cyanase
著者: Sung, Y. / Anderson, P.M. / Fuchs, J.A.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1986
タイトル: Kinetic Properties of Cyanase
著者: Anderson, P.M. / Little, R.M.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1986
タイトル: Interaction of Mono- and Dianions with Cyanase: Evidence for Apparent Half-Site Binding
著者: Anderson, P.M. / Johnson, W.V. / Endrizzi, J.A. / Little, R.M. / Korte, J.J.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1980
タイトル: Purification and Properties of the Inducible Enzyme Cyanase
著者: Anderson, P.M.
履歴
登録1999年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Version format compliance
改定 1.22011年9月28日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_name
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEET STRUCTURE OF THIS ASSEMBLY IS COMPRISED OF FIVE SHEETS ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEET STRUCTURE OF THIS ASSEMBLY IS COMPRISED OF FIVE SHEETS THAT FORM AN EQUATORIAL GIRDLE AROUND THE DECAMERIC ASSEMBLY. EACH SHEET IS MADE UP OF FOUR STRANDS FROM TWO PROTEIN CHAINS EACH CONTRIBUTING TWO STRANDS

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYANATE LYASE
B: CYANATE LYASE
C: CYANATE LYASE
D: CYANATE LYASE
E: CYANATE LYASE
F: CYANATE LYASE
G: CYANATE LYASE
H: CYANATE LYASE
I: CYANATE LYASE
J: CYANATE LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,11843
ポリマ－172,55410
非ポリマー2,56433
水33,5981865
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area73320 Å2
ΔGint-480.9 kcal/mol
Surface area62230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.340, 81.030, 82.300
Angle α, β, γ (deg.)70.30, 72.20, 66.40
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.94065, -0.17222, -0.29243), (-0.20872, 0.38587, -0.89863), (0.2676, 0.90634, 0.32702)4.36759, 12.8399, 16.75605
2given(-0.95355, 0.18279, -0.23944), (0.16297, -0.35548, -0.92037), (-0.25335, -0.91664, 0.30918)-32.81829, 21.16895, 8.98718
3given(-0.84309, 0.50703, 0.17922), (0.51082, 0.65086, 0.56165), (0.16813, 0.56507, -0.80773)-38.81259, -0.18068, 35.79026
4given(0.84717, -0.49605, -0.19036), (-0.50816, -0.65182, -0.56295), (0.15518, 0.57364, -0.80427)1.2514, 2.20191, 35.70566
5given(-0.93414, 0.19954, 0.29591), (0.20986, -0.36354, 0.90763), (0.28869, 0.90995, 0.29773)-42.29295, -11.4549, 17.69791
6given(-0.99967, 0.00341, 0.02539), (-0.00344, -0.99999, -0.00084), (0.02539, -0.00093, 0.99968)-38.32463, 1.86082, 0.72657
7given(0.85152, -0.50635, 0.13612), (-0.48606, -0.66493, 0.56711), (-0.19664, -0.54907, -0.81232)-4.6391, -18.07603, 30.19
8given(0.94416, -0.21624, 0.24859), (-0.16169, 0.35332, 0.92143), (-0.28709, -0.91017, 0.29862)-5.10082, -19.33665, 8.45441
9given(-0.8582, 0.48703, -0.16216), (0.48354, 0.66099, -0.57384), (-0.17229, -0.57088, -0.80275)-32.6452, 20.0779, 30.519

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要素

#1: タンパク質
CYANATE LYASE / CYANATE HYDROLASE / CYANASE


分子量: 17255.377 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P00816, EC: 4.3.99.1
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1865 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: SELENOMETHIONINE LABELLED CRYSTALS WERE GROWN BY THE SITTING DROP METHOD OF VAPOUR DIFFUSION FROM 50% AMMONIUM SULPHATE SOLUTIONS BUFFERED WITH 50MM NAKPO4, PH = 7.3, AND IN THE PRESENCE OF ...詳細: SELENOMETHIONINE LABELLED CRYSTALS WERE GROWN BY THE SITTING DROP METHOD OF VAPOUR DIFFUSION FROM 50% AMMONIUM SULPHATE SOLUTIONS BUFFERED WITH 50MM NAKPO4, PH = 7.3, AND IN THE PRESENCE OF 50 MM TRIC/HCL, PH =7.3. MICROSEEDING WITH WILD-TYPE CRYSTALS PRODUCED CRYSTALS THAT GREW TO 0.1 X 0.2 X 0.7 MM OVER 5-7 DAYS.
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 51 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: used microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12.1 Mammonium sulfate1drop
250 mM1dropNaKPO4
350 mMTris-HCl1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9465, 0.9793, 0.9795, 1.033, 1.078, 1.00
検出器タイプ: ARGONNE APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 1998年7月15日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.94651
20.97931
30.97951
41.0331
51.0781
611
反射解像度: 1.65→20 Å / Num. obs: 187107 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 15.6 Å2 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.198 / % possible all: 80.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 524489 / Rmerge(I) obs: 0.039
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.6 % / Rmerge(I) obs: 0.198

-
解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.65→20 Å / SU B: 1.66 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.092
詳細: NCS RESTRAINTS NOT EMPLOYED ALTERNATIVE CONFORMATIONS WERE MODELLED FOR THE FOLLOWING AMINO ACID SIDE CHAINS CHAIN A: 25 27 31 34 66 78 101 128 132 133 CHAIN B: 10 27 60 66 78 101 128 131 ...詳細: NCS RESTRAINTS NOT EMPLOYED ALTERNATIVE CONFORMATIONS WERE MODELLED FOR THE FOLLOWING AMINO ACID SIDE CHAINS CHAIN A: 25 27 31 34 66 78 101 128 132 133 CHAIN B: 10 27 60 66 78 101 128 131 CHAIN C: 27 40 60 78 88 101 128 132 CHAIN D: 27 78 101 128 133 CHAIN E: 27 31 34 40 78 101 128 CHAIN F: 40 60 78 101 128 CHAIN G: 25 27 34 78 101 128 CHAIN H: 31 40 78 101 128 CHAIN I: 27 60 101 128 CHAIN J: 27 31 78 101 128 THIS STRUCTURE WAS DETERMINED AS PART OF THE STRUCTURAL GENOMICS INITIATIVE AT ARGONNE NATIONAL LABORATORY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.189 9436 3 %RANDOM
Rwork0.15 ---
obs-177665 94.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11970 0 125 1865 13960
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0180.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0330.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0380.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.622
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.143
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.742
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.993
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.170.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1880.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.250.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor6.47
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor1320
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor20.220
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.15 / Rfactor Rwork: 0.15
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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