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- PDB-1dv9: STRUCTURAL CHANGES ACCOMPANYING PH-INDUCED DISSOCIATION OF THE B-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dv9
タイトルSTRUCTURAL CHANGES ACCOMPANYING PH-INDUCED DISSOCIATION OF THE B-LACTOGLOBULIN DIMER
要素BETA-LACTOGLOBULIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Beta-lactoglobulin / beta-barrel / low pH structure / triple resonance experiments
機能・相同性
機能・相同性情報


retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactoglobulin / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-lactoglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Uhrinova, S. / Smith, M.H. / Jameson, G.B. / Uhrin, D. / Sawyer, L. / Barlow, P.N.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Structural changes accompanying pH-induced dissociation of the beta-lactoglobulin dimer.
著者: Uhrinova, S. / Smith, M.H. / Jameson, G.B. / Uhrin, D. / Sawyer, L. / Barlow, P.N.
#1: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1998
タイトル: Isotopically Labelled Bovine Beta-lactoglobulin Expressed in P. pastoris
著者: Denton, H. / Smith, M. / Husi, H. / Uhrin, D. / Barlow, P.N. / Batt, C.A. / Sawyer, L.
#2: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1998
タイトル: Complete Assignment of 1H, 13C and 15N Chemical Shifts for Bovine Beta-lactoglobulin: Secondary Structure and Topology of the Native State is Retained in a Partially Unfolded Form.
著者: Uhrinova, S. / Uhrin, D. / Denton, H. / Smith, M. / Sawyer, L. / Barlow, P.N.
履歴
登録2000年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTOGLOBULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3951
ポリマ－18,3951
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 60lowest total energy
代表モデルモデル #14closest to the average

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要素

#1: タンパク質 BETA-LACTOGLOBULIN


分子量: 18395.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SMALL PROTEIN FOUND IN THE WHEY OF MILK OF RUMINANTS AND OTHER SPECIES
由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ)
解説: P.PASTORIS GS115/HIS+BLG/MUT+ CONTAINING PPIC9; PPIC9 DERIVED FROM PTTQ18BLG BY PCR
Variant: A / プラスミド: PPIC9 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P02754
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple resonance NMR spectra

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試料調製

詳細内容: 1mM B-lactoglobuline-15N,13C; 50mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: not known / pH: 2.7 / 圧: ambient / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix97Molecular Simulations解析
XEASY1995Bartels el al.解析
X-PLORARIANilges el al.構造決定
CNS0.9Brunger et al.構造決定
CNS0.9Brunger et al.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 2715 restraints, out of which 77 are hydrogen bonds and 110 are torsion angles
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: lowest total energy / 計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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