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- PDB-2z4f: Solution structure of the Discoidin Domain of DDR2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z4f
タイトルSolution structure of the Discoidin Domain of DDR2
要素Discoidin domain-containing receptor 2
キーワードTRANSFERASE / BETA BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hepatic stellate cell proliferation / biomineral tissue development / positive regulation of hepatic stellate cell activation / chondrocyte proliferation / positive regulation of extracellular matrix disassembly / endochondral bone growth / regulation of extracellular matrix disassembly / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / regulation of bone mineralization ...positive regulation of hepatic stellate cell proliferation / biomineral tissue development / positive regulation of hepatic stellate cell activation / chondrocyte proliferation / positive regulation of extracellular matrix disassembly / endochondral bone growth / regulation of extracellular matrix disassembly / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / regulation of bone mineralization / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / collagen fibril organization / regulation of tissue remodeling / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of wound healing / Non-integrin membrane-ECM interactions / positive regulation of collagen biosynthetic process / cellular response to angiotensin / positive regulation of protein kinase activity / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of osteoblast differentiation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / collagen binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / response to muscle stretch / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / ossification / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of neuron projection development / positive regulation of fibroblast proliferation / actin cytoskeleton / protein autophosphorylation / cellular response to hypoxia / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / apical plasma membrane / focal adhesion / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Discoidin domain-containing receptor 1/2, DS-like domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. ...: / Discoidin domain-containing receptor 1/2, DS-like domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Galactose-binding domain-like / : / Galactose-binding-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Jelly Rolls / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Discoidin domain-containing receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Ichikawa, O. / Osawa, M. / Nishida, N. / Goshima, N. / Nomura, N. / Shimada, I.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Structural basis of the collagen-binding mode of discoidin domain receptor 2
著者: Ichikawa, O. / Osawa, M. / Nishida, N. / Goshima, N. / Nomura, N. / Shimada, I.
履歴
登録2007年6月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Discoidin domain-containing receptor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3941
ポリマ－19,3941
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Discoidin domain-containing receptor 2 / Discoidin domain receptor 2 / Receptor protein-tyrosine kinase TKT / Tyrosine-protein kinase TYRO10 ...Discoidin domain receptor 2 / Receptor protein-tyrosine kinase TKT / Tyrosine-protein kinase TYRO10 / Neurotrophic tyrosine kinase / receptor-related 3 / CD167b antigen


分子量: 19393.707 Da / 分子数: 1 / 断片: F5/8 type C, DISCOIDIN DOMAIN, RESIDUES 26-186 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDR2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q16832, receptor protein-tyrosine kinase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1213D 13C-separated NOESY
131HNHA
1423D 13C-separated NOESY
1533D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4mM DDR2 U-15N,13C; 10mM PHOSPHATE BUFFER; 100mM NACL; 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
20.4mM DDR2 U-15N,13C; 10mM PHOSPHATE BUFFER; 100mM NACL; 100% D2O100% D2O
30.4mM DDR2 U-15N; 10mM PHOSPHATE BUFFER; 100mM NACL; 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 0.1M / pH: 7 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1GUNTERT, P. ET AL.精密化
CYANA2.1GUNTERT, P. ET AL.構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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