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- PDB-1dr9: CRYSTAL STRUCTURE OF A SOLUBLE FORM OF B7-1 (CD80) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dr9
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A SOLUBLE FORM OF B7-1 (CD80)
要素T LYMPHOCYTE ACTIVATION ANTIGEN
キーワードIMMUNE SYSTEM / IG SUPERFAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / protein complex involved in cell adhesion / positive regulation of signal transduction / CD28 co-stimulation / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / CD28 dependent Vav1 pathway / CTLA4 inhibitory signaling / Interleukin-10 signaling / CD28 dependent PI3K/Akt signaling ...negative regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / protein complex involved in cell adhesion / positive regulation of signal transduction / CD28 co-stimulation / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / CD28 dependent Vav1 pathway / CTLA4 inhibitory signaling / Interleukin-10 signaling / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / coreceptor activity / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / positive regulation of interleukin-2 production / T cell activation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / PIP3 activates AKT signaling / virus receptor activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cellular response to lipopolysaccharide / cell surface receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / receptor ligand activity / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD80, IgC-like domain / CD80, immunoglobulin variable domain / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...CD80, IgC-like domain / CD80, immunoglobulin variable domain / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-lymphocyte activation antigen CD80
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Ikemizu, S. / Jones, E.Y. / Stuart, D.I. / Davis, S.J.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2000
タイトル: Structure and dimerization of a soluble form of B7-1.
著者: Ikemizu, S. / Gilbert, R.J. / Fennelly, J.A. / Collins, A.V. / Harlos, K. / Jones, E.Y. / Stuart, D.I. / Davis, S.J.
履歴
登録2000年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52021年11月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T LYMPHOCYTE ACTIVATION ANTIGEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6574
ポリマ－22,9931
非ポリマー6643
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.280, 57.280, 298.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 T LYMPHOCYTE ACTIVATION ANTIGEN / B7-1 (CD80)


分子量: 22993.123 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR REGION / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33681
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG400, Na Hepes, CaCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 20K
結晶化
*PLUS
pH: 7.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mMHEPES1drop
2140 mM1dropNaCl
30.05 %1dropNaN3
428 %PEG4001reservoir10%-90% v/v dilution
50.1 Msodium HEPES1reservoir10%-90% v/v dilution
60.2 M1reservoirCaCl210%-90% v/v dilution

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. all: 105456 / Num. obs: 5204 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 0.195 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.48 / Num. unique all: 283 / % possible all: 88.9
反射
*PLUS
% possible obs: 100 % / 冗長度: 19.5 % / Num. measured all: 105456
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 % / Mean I/σ(I) obs: 5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS0.9精密化
精密化解像度: 3→19.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Data cutoff high absF: 253290.04 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 289 5.6 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.238 5204 96.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.289 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.91 Å20 Å20 Å2
2--11.91 Å20 Å2
3----23.83 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1603 0 42 0 1645
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.641.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.272
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.482.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.049 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 56 7 %
Rwork0.291 745 -
obs--92.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CARBOHYDRATE.PARCARBOHYDRATE.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.6 % / Rfactor Rfree: 0.28
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 41.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.73
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.365 / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor Rwork: 0.291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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