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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dqt | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF MURINE CTLA4 (CD152) | ||||||
![]() | CYTOTOXIC T LYMPHOCYTE ASSOCIATED ANTIGEN 4 | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin variable domain-like beta-sandwich / homodimer | ||||||
機能・相同性 | ![]() CTLA4 inhibitory signaling / protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of T cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / external side of plasma membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ostrov, D.A. / Shi, W. / Schwartz, J.C. / Almo, S.C. / Nathenson, S.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of murine CTLA-4 and its role in modulating T cell responsiveness. 著者: Ostrov, D.A. / Shi, W. / Schwartz, J.C. / Almo, S.C. / Nathenson, S.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 105.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 86.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 450.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 460.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12927.545 Da / 分子数: 4 / 断片: EXTRACELLULAR FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 18% PEG 6000, 2.0 M NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18.0K | ||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 58 % | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年6月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→10 Å / Num. all: 44587 / Num. obs: 44587 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 36.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.8 % / Num. unique all: 4206 / Rsym value: 0.057 / % possible all: 95.7 |
反射 | *PLUS % possible obs: 99.4 % / Num. measured all: 301486 / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.7 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high rms absF: 309707 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1.4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 31.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.309 / % reflection Rfree: 10.5 % / Rfactor Rwork: 0.292 |