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Yorodumi- PDB-3uhp: Crystal Structure of Glutamate Racemase from Campylobacter jejuni... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3uhp | ||||||
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Title | Crystal Structure of Glutamate Racemase from Campylobacter jejuni subsp. jejuni | ||||||
Components | Glutamate racemase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta sandwich fold / cytosole | ||||||
Function / homology | Function and homology information glutamate racemase / glutamate racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Campylobacter jejuni (Campylobacter) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.794 Å | ||||||
Authors | Maltseva, N. / Mulligan, R. / Kwon, K. / Kim, Y. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published / Year: 2011 Title: Crystal Structure of Glutamate Racemase from Campylobacter jejuni subsp. jejuni Authors: Maltseva, N. / Mulligan, R. / Kwon, K. / Kim, Y. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3uhp.cif.gz | 216.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3uhp.ent.gz | 176.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3uhp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/3uhp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/3uhp | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3uhfSC 3uhoC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | two monomers in the asymmetric unit |
-Components
#1: Protein | Mass: 30863.424 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Campylobacter jejuni (Campylobacter) / Strain: NCTC 11168 / Gene: Cj1652c, murI / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21magic / References: UniProt: Q9PM24, glutamate racemase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.15 Å3/Da / Density % sol: 42.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2M Calcium Chloride, 1M Tris pH 8.5, 30% PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97926 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 29, 2011 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.794→50 Å / Num. all: 12747 / Num. obs: 12747 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 81.4 Å2 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 9.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.85 Å / Redundancy: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 581 / Rsym value: 0.759 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3UHF Resolution: 2.794→43.548 Å / Isotropic thermal model: mixed / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 37.19 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 72.594 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 105.9 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.794→43.548 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection obs: 95 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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