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- PDB-6o9w: Crystal structure of Staphylococcus aureus BlaR1 antibiotic-senso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o9w
タイトルCrystal structure of Staphylococcus aureus BlaR1 antibiotic-sensor domain in complex with avibactam
要素Regulatory protein BlaR1
キーワードSIGNALING PROTEIN / beta-lactam antibiotic sensor domain / Antibiotic complex / penicillin binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Peptidase M56 / BlaR1 peptidase M56 / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NXL / Regulatory protein BlaR1
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Alexander, J.A.N. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of avibactam-mediated activation of the bla and mec divergons in methicillin-resistant Staphylococcus aureus .
著者: Alexander, J.A.N. / Radaeva, M. / King, D.T. / Chambers, H.F. / Cherkasov, A. / Chatterjee, S.S. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2019年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein BlaR1
B: Regulatory protein BlaR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3654
ポリマ－60,8312
非ポリマー5352
水3,009167
1
A: Regulatory protein BlaR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6832
ポリマ－30,4151
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Regulatory protein BlaR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6832
ポリマ－30,4151
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.355, 92.647, 56.472
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.570, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 337 through 583)
21(chain B and (resid 337 through 407 or resid 428 through 583))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRASNASN(chain A and resid 337 through 583)AA337 - 58311 - 257
21TYRTYRASPASP(chain B and (resid 337 through 407 or resid 428 through 583))BB337 - 40711 - 81
22GLNGLNASNASN(chain B and (resid 337 through 407 or resid 428 through 583))BB428 - 583102 - 257

-
要素

#1: タンパク質 Regulatory protein BlaR1


分子量: 30415.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: blaR1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P18357
#2: 化合物 ChemComp-NXL / (2S,5R)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / avibactam, bound form / NXL104, bound form


分子量: 267.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13N3O6S / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM tri-potassium citrate, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→46.32 Å / Num. obs: 38646 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 131091 / Scaling rejects: 1
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.984 / Num. measured all: 9292 / Num. unique obs: 2689 / CC1/2: 0.61 / Rpim(I) all: 0.618 / Rrim(I) all: 1.165 / Net I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 99.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.61 Å46.32 Å
Translation4.61 Å46.32 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XA1

1xa1


解像度: 1.95→46.32 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2248 1823 4.72 %
Rwork0.1848 --
obs0.1867 38592 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 153.99 Å2 / Biso mean: 44.9278 Å2 / Biso min: 21.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→46.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3916 0 112 167 4195
Biso mean--35.33 41.28 -
残基数----472
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1358X-RAY DIFFRACTION5.016TORSIONAL
12B1358X-RAY DIFFRACTION5.016TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-2.00270.38561340.32232793292799
2.0027-2.06170.32051520.29128022954100
2.0617-2.12820.29371440.2622816296099
2.1282-2.20430.26671470.237628142961100
2.2043-2.29250.27881420.22662809295199
2.2925-2.39690.22021500.204828232973100
2.3969-2.52320.23771470.192728142961100
2.5232-2.68130.19851340.179228492983100
2.6813-2.88830.20591360.170328332969100
2.8883-3.17890.21951430.172428372980100
3.1789-3.63870.20641410.162819296099
3.6387-4.58380.17881270.144128632990100
4.5838-46.33660.221260.17692897302399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9418-0.7081.74193.1373-0.6784.1687-0.1355-0.18890.50150.18890.00720.0628-0.2686-0.19150.17980.30710.0097-0.02340.1863-0.02220.3246-5.5467-6.261624.3123
23.6413-1.09440.10394.4830.15232.04860.3208-0.114-0.2157-0.1724-0.2030.24180.255-0.0825-0.10340.2678-0.0372-0.04460.2101-0.00760.2166-8.8569-25.381526.7838
38.16044.8607-2.78548.1541.46142.8241-0.41030.1512-0.4982-0.47330.3863-0.20240.09870.21170.00420.41520.0837-0.05480.2993-0.05750.3252-3.2441-35.840917.5654
41.420.30160.0731.03060.09121.2960.0466-0.0287-0.03980.03920.00340.05650.1151-0.0722-0.04440.29340.0005-0.05840.2252-0.00990.2736-6.1806-23.178323.454
52.12522.54142.10158.83852.05998.03690.10060.3438-0.1226-0.61580.1579-0.8099-0.10390.5307-0.23630.254-0.04510.04310.29770.00640.34262.7892-9.073512.079
63.2986-0.60825.0396.3891-0.73247.6710.43081.216-1.0605-0.6177-0.36470.43870.5120.1215-0.13870.53020.1155-0.02670.4544-0.13950.4563-26.9671-46.6829-7.9664
72.06450.42830.94581.601-1.55833.40820.0010.1988-0.1356-0.1066-0.03410.00910.00250.07320.02370.26020.0249-0.01990.2056-0.05150.2578-29.986-37.15690.373
83.08332.221-1.78721.5855-1.37981.18740.1581-0.6320.0475-0.5588-0.59340.19040.1073-0.03160.37350.88950.0177-0.09351.0493-0.1710.813-34.804-30.638430.2887
92.088-0.72571.01471.8267-0.00612.74170.0934-0.1834-0.11870.1251-0.03120.06490.1317-0.1284-0.07150.2379-0.035-0.02520.21730.0070.2596-30.7638-40.356912.4523
105.22111.78230.95383.04781.04851.9084-0.0670.06410.0582-0.0765-0.070.1751-0.2028-0.01450.17090.28020.0196-0.04680.2113-0.02010.2488-30.9551-28.84991.3527
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 337:379)A337 - 379
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 380:404)A380 - 404
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 405:439)A405 - 439
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 440:572)A440 - 572
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 573:583)A573 - 583
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 337:347)B337 - 347
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 348:405)B348 - 405
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 406:427)B406 - 427
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 428:525)B428 - 525
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 526:583)B526 - 583

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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