PDB-1dk7: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ISOLATED APICAL DOMAIN OF GROEL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1dk7

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF AN ISOLATED APICAL DOMAIN OF GROEL

要素

GROEL

キーワード

CHAPERONE / MOLECULAR CHAPERONE / PROTEIN FOLDING

機能・相同性

機能・相同性情報

GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / protein folding / response to heat ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Chen, L. / Sigler, P.B.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: The crystal structure of a GroEL/peptide complex: plasticity as a basis for substrate diversity.
著者: Chen, L. / Sigler, P.B.

履歴

登録	1999年12月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年1月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月31日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1dk7.cif.gz	68.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1dk7.ent.gz	51.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1dk7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1dk7_validation.pdf.gz	434.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1dk7_full_validation.pdf.gz	439 KB	表示
XML形式データ	1dk7_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	1dk7_validation.cif.gz	20.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/1dk7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/1dk7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dkdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3f43-d 4iuk-2 4esp-d 5cbl-1 5wq0-5 4fqt-1 4nwy-2 4dx9-3 1dbw-2 3cxg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (11)

登録構造単位

A: GROEL

B: GROEL

31.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GROEL

登録者が定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GROEL

登録者が定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.859, 84.859, 77.068
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	GROEL / CHAPERONE HSP60 分子量: 15729.269 Da / 分子数: 2 / 断片: APICAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6F5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.68 %

結晶化

温度: 292.3 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG4K, LI2SO4, TRISHCL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19.3K

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
2	100 mM	Tris/Cl	1	reservoir
3	200 mM		1	reservoir	Li2SO4
4	30 %	PEG4000	1	reservoir
1		apocal domain	1	drop		1:1(v/v) ratio of 10 mg/ml of the apical domain to well solution

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器	タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1996年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→25 Å / Num. all: 22062 / Num. obs: 18450 / % possible obs: 83.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 19.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.327 / Num. unique all: 2038 / % possible all: 96.9
反射シェル	PLUS % possible obs*: 96.9 %

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
CNS	精密化
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
CNS	位相決定

精密化

解像度: 2.02→15.15 Å / R_factor R_free error: 0.006 / Data cutoff high absF: 542879.91 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.241	1815	9.8 %	RANDOM
R_work	0.225	-	-	-
obs	0.225	18450	86.4 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 52.36 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.94 Å²	4.4 Å²	0 Å²
2-	-	4.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	-9.87 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.28 Å	0.27 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.22 Å	0.2 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→15.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2174	0	0	188	2362

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	23.6
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.86
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.62	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.37	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.83	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	4.03	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2→2.13 Å / R_factor R_free error: 0.017 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.277	259	9.7 %
R_work	0.257	2409	-
obs	-	-	73.5 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	23.6
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.86

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