PDB-4iuk: Crystal structure of NreA of Staphylococcus carnosus with bound n...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4iuk

タイトル

Crystal structure of NreA of Staphylococcus carnosus with bound nitrate

要素

NreA protein

キーワード

Nitrate-binding protein / GAF domain / Nitrate sensor / Staphylococcus / Nitrate binding / Nitrate / Cytosolic

機能・相同性

GAF domain / GAF domain / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / NITRATE ION / NreA protein

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus carnosus subsp. carnosus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Stehle, T. / Niemann, V.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: The NreA Protein Functions as a Nitrate Receptor in the Staphylococcal Nitrate Regulation System.
著者: Niemann, V. / Koch-Singenstreu, M. / Neu, A. / Nilkens, S. / Gotz, F. / Unden, G. / Stehle, T.

履歴

登録	2013年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月5日	Group: Database references
改定 1.2	2014年3月26日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4iuk.cif.gz	122.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4iuk.ent.gz	95.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4iuk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/4iuk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/4iuk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4iuhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4iuh-1 6s9r-d 3n84-7 6k2h-d 2nne-d 3bmb-1 3ixs-4 6y76-2 3hbw-1 3qd7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (2) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: NreA protein

B: NreA protein

ヘテロ分子

37.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NreA protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NreA protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.660, 85.660, 91.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-321- HOH

#1: タンパク質	NreA protein 分子量: 18854.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus carnosus subsp. carnosus (バクテリア) 株: TM300 / 遺伝子: nreA, Sca_1890, SCA_1890 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9DL91
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 12.5 % (w/v) PEG 1.000, 12.5 % (w/v) PEG 3350, 12.5 % (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M disodium hydrogen phosphate, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M bicine/Trizma ...詳細: 12.5 % (w/v) PEG 1.000, 12.5 % (w/v) PEG 3350, 12.5 % (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M disodium hydrogen phosphate, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M bicine/Trizma base, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.64 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 12.5 % (w/v) PEG 1.000, 12.5 % (w/v) PEG 3350, 12.5 % (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M disodium hydrogen phosphate, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M bicine/Trizma ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月9日
放射	モノクロメーター: toroidal focused Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→42.83 Å / Num. obs: 14713 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.35→2.41 Å / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BsxCuBE		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→42.83 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2524	1470	9.99 %
R_work	0.2128	-	-
obs	0.2168	14713	99.95 %
all	-	14712	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→42.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2158	0	8	39	2205

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2211
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.854	2997
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.486	808
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	340
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	389

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.4259	0.3624	128	0.3427	1174	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4259-2.5126	0.3344	130	0.297	1172	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5126-2.6132	0.3339	133	0.2814	1188	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6132-2.7321	0.3038	130	0.2884	1172	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7321-2.8761	0.2949	132	0.2485	1189	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8761-3.0562	0.2532	133	0.2244	1195	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0562-3.2921	0.251	132	0.2173	1193	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2921-3.6233	0.2838	133	0.2115	1192	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6233-4.1472	0.2316	135	0.1802	1214	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1472-5.2235	0.2098	137	0.1693	1238	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2235-42.8371	0.22	147	0.1999	1316	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6714	-0.048	-0.3653	4.067	1.025	5.3218	0.1125	-0.0492	-0.243	-0.0477	-0.1404	-0.4292	0.1239	0.0467	0.0222	0.2877	0.0738	0.0426	0.3297	0.0856	0.2587	-28.3306	-13.3923	-12.545
2	4.1106	0.0109	-0.0786	4.6087	0.5739	5.3305	0.0127	0.1526	0.3965	0.0672	-0.0963	-0.3444	-0.3691	-0.2873	0.0297	0.3076	-0.0881	-0.0239	0.2823	0.0723	0.3105	-38.3615	19.1373	8.7059

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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