+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6s9r | ||||||
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Title | Crystal structure of SSDP from D. melanogaster | ||||||
Components | Sequence-specific single-stranded DNA-binding protein, isoform A | ||||||
Keywords | GENE REGULATION / Chip/LDB1 / WNT signalling / WNT enhanceosome | ||||||
Function / homology | Sequence-specific single-strand DNA-binding protein / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / single-stranded DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleus / Sequence-specific single-stranded DNA-binding protein, isoform A Function and homology information | ||||||
Biological species | Drosophila melanogaster (fruit fly) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Renko, M. / Bienz, M. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2019 Title: Rotational symmetry of the structured Chip/LDB-SSDP core module of the Wnt enhanceosome. Authors: Renko, M. / Fiedler, M. / Rutherford, T.J. / Schaefer, J.V. / Pluckthun, A. / Bienz, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6s9r.cif.gz | 65.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6s9r.ent.gz | 48.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6s9r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6s9r_validation.pdf.gz | 422.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6s9r_full_validation.pdf.gz | 423.5 KB | Display | |
Data in XML | 6s9r_validation.xml.gz | 6.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6s9r_validation.cif.gz | 7.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/6s9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/6s9r | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 10154.380 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) Gene: Ssdp, Dmel\CG7187, l(3)neo48, ssdp, CG7187, Dmel_CG7187 Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9VEB9 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.13 Å3/Da / Density % sol: 60.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1 M MES, 1.7-1.9 M Ammonium Sulfate 0.01 M MgCl2 / PH range: 6.0-6.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 1.06883 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 8, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.06883 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→43.48 Å / Num. obs: 10414 / % possible obs: 99.53 % / Redundancy: 25.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.011 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 33.38 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.486 Å / Num. unique obs: 1010 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.4→43.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 28.495 / SU ML: 0.244 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.207 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 168.64 Å2 / Biso mean: 88.728 Å2 / Biso min: 73.33 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→43.48 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.463 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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