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- PDB-1kgs: Crystal Structure at 1.50 A of an OmpR/PhoB Homolog from Thermoto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kgs
タイトルCrystal Structure at 1.50 A of an OmpR/PhoB Homolog from Thermotoga maritima
要素DNA BINDING RESPONSE REGULATOR D
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-binding protein / alph-beta sandwich / winged-helix / helix-turn-helix / response regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulatory protein WalR-like / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily ...Transcriptional regulatory protein WalR-like / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Buckler, D.R. / Zhou, Y. / Stock, A.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Evidence of intradomain and interdomain flexibility in an OmpR/PhoB homolog from Thermotoga maritima.
著者: Buckler, D.R. / Zhou, Y. / Stock, A.M.
履歴
登録2001年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA BINDING RESPONSE REGULATOR D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8277
ポリマ－26,4781
非ポリマー3486
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.570, 71.267, 54.605
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.56, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DNA BINDING RESPONSE REGULATOR D / DRRD


分子量: 26478.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: DRRD / プラスミド: pDrrD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9WYN0
#2: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.48 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein at 12-25 mg/ml in 0.0125 M tris(hydroxymethyl)amino methane (TRIS) pH 8.0, 0.50 M NaCl; precipitating solution: 20% (w/v) PEG 3350, 0.10 M 2-(N-Morpholino)ethanesulfonic acid (MES) pH ...詳細: Protein at 12-25 mg/ml in 0.0125 M tris(hydroxymethyl)amino methane (TRIS) pH 8.0, 0.50 M NaCl; precipitating solution: 20% (w/v) PEG 3350, 0.10 M 2-(N-Morpholino)ethanesulfonic acid (MES) pH 6.5, 0.20 M potassium thiocyanate (KSCN), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
手法: matrix screening kits
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1100 mMMES11pH6.5
210 %PEG335011
3200 mMKSCN11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9640, 0.9796, 0.9797
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月13日 / 詳細: parabolic collimating mirror
放射モノクロメーター: double-crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9641
20.97961
30.97971
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 40628 / Num. obs: 40466 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.57 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 5891 / Rsym value: 0.139 / % possible all: 100
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.58 Å / % possible obs: 100 % / Num. unique obs: 5891

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 1.612 / SU ML: 0.061 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: BABINET MODEL WITH MASK / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Maximum likelihood target and experimental phases as Hendrickson-Lattman coefficients used throughout refinement. TLS refinement performed for last stages where each subdomain defined as ...詳細: Maximum likelihood target and experimental phases as Hendrickson-Lattman coefficients used throughout refinement. TLS refinement performed for last stages where each subdomain defined as separate group. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20984 2026 5 %RANDOM
Rwork0.17911 ---
all0.1806 40628 --
obs0.1806 40466 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.834 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å2-0.22 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1774 0 18 206 1998
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221758
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021674
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.651.9852360
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.83433866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5463213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.75615339
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021889
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02339
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.3355
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1940.31553
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1970.51
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.5164
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0370.54
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.30.314
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2650.357
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1420.527
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.031.51084
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.77121739
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9453674
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5264.5621
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.227 140
Rwork0.19 2816
obs-2816
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4011-0.00440.00560.4675-0.18710.6133-0.00890.0105-0.019-0.0250.0140.01230.0133-0.0094-0.0050.00140.0034-0.00210.0088-0.00260.018121.29228.90244.608
20.2711-0.04230.11210.167-0.07840.89940.0097-0.00780.01430.0071-0.01120.0062-0.022-0.00050.00160.027700.0010.02830.00380.028521.26740.35176.167
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 1222 - 122
2X-RAY DIFFRACTION2AA127 - 225127 - 225
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.65
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.227 / Rfactor Rwork: 0.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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