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- PDB-1df0: Crystal structure of M-Calpain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1df0
タイトルCrystal structure of M-Calpain
要素
  • CALPAIN
  • M-CALPAIN
キーワードHYDROLASE / CYSTEINE PROTEASE / CALMODULIN / PAPAIN / CATALYTIC TRIAD / ZYMOGEN ACTIVATION / C2 DOMAIN / PROTEASE / ZYMOGEN / CALPAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


calpain-2 / Degradation of the extracellular matrix / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / calpain complex / protein catabolic process at postsynapse / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / perinuclear endoplasmic reticulum / myoblast fusion / regulation of interleukin-6 production / positive regulation of myoblast fusion ...calpain-2 / Degradation of the extracellular matrix / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / calpain complex / protein catabolic process at postsynapse / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / perinuclear endoplasmic reticulum / myoblast fusion / regulation of interleukin-6 production / positive regulation of myoblast fusion / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / behavioral response to pain / pseudopodium / protein autoprocessing / blastocyst development / synaptic vesicle endocytosis / cellular response to interferon-beta / response to mechanical stimulus / cytoskeletal protein binding / proteolysis involved in protein catabolic process / cell projection / female pregnancy / cellular response to amino acid stimulus / protein catabolic process / response to hydrogen peroxide / presynapse / peptidase activity / cellular response to lipopolysaccharide / postsynapse / lysosome / response to hypoxia / membrane raft / external side of plasma membrane / focal adhesion / neuronal cell body / dendrite / calcium ion binding / protein-containing complex binding / chromatin / Golgi apparatus / enzyme binding / endoplasmic reticulum / proteolysis / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CAPN2, penta-EF hand, calcium binding motif / Calpain subdomain III / : / Jelly Rolls - #380 / Peptidase C2, calpain, domain III / calpain_III / Peptidase C2, calpain, large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain family / Calpain large subunit, domain III superfamily / Calpain large subunit, domain III ...CAPN2, penta-EF hand, calcium binding motif / Calpain subdomain III / : / Jelly Rolls - #380 / Peptidase C2, calpain, domain III / calpain_III / Peptidase C2, calpain, large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain family / Calpain large subunit, domain III superfamily / Calpain large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain, catalytic domain / Calpain family cysteine protease / Cysteine proteinase, calpain-type, catalytic domain profile. / Calpain-like thiol protease family. / EF-hand domain pair / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Jelly Rolls / Alpha-Beta Complex / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Calpain-2 catalytic subunit / Calpain small subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Hosfield, C.M. / Elce, J.S. / Davies, P.L. / Jia, Z.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of calpain reveals the structural basis for Ca(2+)-dependent protease activity and a novel mode of enzyme activation.
著者: Hosfield, C.M. / Elce, J.S. / Davies, P.L. / Jia, Z.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Structure of a Calpain Ca(2+)-Binding Domain Reveals a Novel EF-Hand and Ca(2+) -Induced Conformational Changes
著者: Blanchard, H. / Grochulski, P. / Li, Y. / Arthur, J.S.C. / Davies, P.L. / Elce, J.S. / Cygler, M.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal Structure of Calcium Bound Domain VI of Calpain at 1.9 A Resolution and its Role in Enzyme Assembly, Regulation, and Inhibitor Binding
著者: Lin, G.D. / Chattopadhyay, D. / Maki, M. / Wang, K.K. / Carson, M. / Jin, L. / Hatanaka, M. / Takano, E. / Narayana, S.V.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Crystallization and X-Ray Crystallographic Analysis of M-Calpain: A Ca2+- Dependent Protease
著者: Hosfield, C.M. / Ye, Q. / Arthur, J.S.C. / Hegadorn, C. / Croall, D.E. / Elce, J.S. / Jia, Z.
履歴
登録1999年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年5月9日Group: Structure summary
改定 1.42018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M-CALPAIN
B: CALPAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2992
ポリマ－101,2992
非ポリマー00
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5500 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area36280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.696, 80.181, 80.72
Angle α, β, γ (deg.)60.371, 70.848, 79.486
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is a heterodimer constructed from chain A and chain B

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要素

#1: タンパク質 M-CALPAIN / CALCIUM-ACTIVATED NEUTRAL PROTEINASE / CALPAIN 2


分子量: 79994.039 Da / 分子数: 1 / 断片: LARGE (CATALYTIC) SUBUNIT / 変異: C105S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07009, calpain-2
#2: タンパク質 CALPAIN / CALCIUM-ACTIVATED NEUTRAL PROTEINASE


分子量: 21304.979 Da / 分子数: 1
断片: DOMAIN VI (CALCIUM-BINDING DOMAIN), SMALL (REGULATORY) SUBUNIT
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q64537
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25
詳細: PEG 6000, MES, SODIUM CHLORIDE, DITHIOTHREITOL, EDTA, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
pH: 6.5
詳細: Hosfield, C.M., (1999) Acta Crystallogr., Sect.D, 55, 1484.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mMMES1droppH6.5
210-12 %PEG60001drop
350 mM1dropNaCl
410 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.923
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 227921 / Num. obs: 227921 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 68.052 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.91 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / % possible all: 98.1
反射
*PLUS

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.6→25 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 3454 -RANDOM
Rwork0.223 ---
all0.223 34974 --
obs0.223 34794 96.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6391 0 0 358 6749
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 25 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0095
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.452

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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